PDB-6ocl: Crystal Structure of Leporine Serum Albumin in Complex with Suprofen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ocl

タイトル

Crystal Structure of Leporine Serum Albumin in Complex with Suprofen

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / HELICAL / THREE-DOMAIN PROTEIN / SERUM ALBUMIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Zielinski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Chirality / 年: 2020
タイトル: Structural investigations of stereoselective profen binding by equine and leporine serum albumins.
著者: Zielinski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A. / Szymczak, I.

履歴

登録	2019年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ocl.cif.gz	251.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ocl.ent.gz	203.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ocl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ocl_validation.pdf.gz	742.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ocl_full_validation.pdf.gz	751.2 KB	表示
XML形式データ	6ocl_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	6ocl_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ociC 6ocjC 6ockC 4f5vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4luh-d 7mbl-d 5orf-1 3v03-2 6oci-d 3lu7-1 6m5e-1 6u4x-d 6mdq-d 5osw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (10) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (10)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

66.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.310, 84.680, 108.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 66173.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: G1U9S2, UniProt: P49065*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-M5A / (2S)-2-[4-(thiophene-2-carbonyl)phenyl]propanoic acid / (S)-Suprofen / (S)-スプロフェン分子量: 260.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₁₂O₃S
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8% PPG400, 0.2 M ammonium acetate, 16% PEG 3350, 0.1 M TRIS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 28848 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.88 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 4.94 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3300 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XSCALE	VERSION Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F5V

4f5v

解像度: 2.35→28.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 17.636 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24561	882	3.1 %	RANDOM
R_work	0.18896	-	-	-
obs	0.19067	27950	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.793 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.53 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.35→28.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4608	0	36	243	4887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	4785
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.099	1.983	6481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.913	5	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.479	24.796	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.66	15	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.547	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.631	4.415	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.088	6.614	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.662	4.721	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.934	37.389	7331
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	66	-
R_work	0.312	1992	-
obs	-	-	97.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4863	0.9626	0.0818	3.0802	-0.6605	2.8777	0.1018	-0.3979	-0.0055	0.6824	0.1159	1.2096	0.0554	-0.5735	-0.2177	0.1808	0.0313	0.3149	0.3472	0.1609	0.6063	38.3803	21.481	88.1227
2	3.5614	-1.1519	1.6641	1.379	0.4611	1.9632	-0.0316	-0.195	0.1645	0.1613	0.0098	-0.0018	0.1103	-0.0817	0.0218	0.1009	0.0288	0.0396	0.1294	-0.0117	0.0718	57.0453	31.5744	86.2717
3	2.7508	-0.107	2.4878	1.8878	0.1256	2.6188	0.0146	0.0843	-0.1875	0.1146	0.1103	-0.0043	0.0172	0.1537	-0.1249	0.0491	0.0185	0.0186	0.1313	0.003	0.0304	62.8145	24.2924	80.0592
4	0.4105	0.0426	0.0366	0.1921	0.5582	2.5657	0.2017	-0.0612	-0.1536	0.0318	0.0536	0.043	0.2174	0.056	-0.2553	0.1242	-0.0182	-0.1549	0.0913	0.0389	0.2944	48.3244	9.9504	65.9819
5	0.1757	0.1215	-0.2987	2.0798	2.2988	5.0677	0.1518	-0.0602	-0.1067	0.4588	0.2396	-0.0697	0.3562	0.5913	-0.3914	0.2381	0.0677	-0.1237	0.1635	0.0336	0.3364	58.387	5.028	75.2052
6	1.8397	0.2017	1.0022	0.6701	1.0314	3.034	0.3004	-0.1037	-0.4152	0.0806	0.0775	-0.3592	0.4607	-0.0927	-0.3778	0.1732	0.0401	-0.0982	0.1217	-0.123	0.3713	50.5054	-0.1559	49.4911
7	1.3049	0.2305	1.0839	0.5359	0.6275	2.3394	-0.0047	0.189	0.1025	-0.0256	0.1	-0.1039	0.1128	0.1286	-0.0953	0.0594	0.0317	-0.0274	0.1469	-0.0866	0.1402	49.1001	9.4574	46.0256
8	4.4001	5.4671	2.8825	6.9904	3.4995	1.926	-0.2347	0.4026	-0.1874	-0.3485	0.3765	-0.2354	-0.1303	0.3314	-0.1418	0.0336	0.0003	0.0267	0.1972	-0.1056	0.1027	60.0432	19.1366	44.8659
9	5.734	-1.3993	0.9589	2.2269	-0.5474	0.599	-0.0732	0.2207	-0.2225	-0.0858	0.1319	0.0523	-0.1547	0.0575	-0.0587	0.1096	-0.0122	0.0288	0.1029	-0.022	0.0248	59.4252	39.634	55.913
10	2.2726	-0.3441	0.2883	0.6109	0.2432	1.0711	0.058	0.2023	-0.2948	0.0939	0.1174	0.1103	-0.0846	0.1024	-0.1753	0.094	0.041	0.0088	0.0875	-0.0224	0.1051	57.3137	29.1186	60.868
11	1.0684	-0.739	1.1614	4.8717	-1.0483	1.3114	0.0325	0.1551	-0.1082	-0.1511	0.0623	0.2729	-0.0158	0.1018	-0.0948	0.0782	0.0846	-0.0245	0.1303	-0.0331	0.0689	46.8097	32.3787	51.7898
12	5.2308	-0.3567	4.7753	0.2893	-0.8271	6.3393	-0.4497	-0.1279	0.5638	0.1568	0.0685	0.0902	-0.6301	-0.0887	0.3812	0.2133	0.0181	-0.0046	0.0461	0.0129	0.161	58.2016	50.8964	64.7011
13	1.2192	0.9022	2.1318	1.2219	0.7075	8.0558	-0.2586	0.1659	0.2469	-0.0413	-0.0813	0.0567	-0.8165	0.3146	0.3399	0.2053	-0.0527	-0.0846	0.1247	0.1034	0.1077	64.9889	58.0584	63.0774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 584

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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