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万見
- PDB-6ob6: Human equilibrative nucleoside transporter-1, S-(4-nitrobenzyl)-6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ob6
タイトルHuman equilibrative nucleoside transporter-1, S-(4-nitrobenzyl)-6-thioinosine bound, merohedrally twinned
要素Equilibrative nucleoside transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nucleoside transport / adenosine transport / nucleoside-drug transport / adenosine reuptake inhibitor / SLC29 / hENT1 / ENT / NBMPR / NBTI
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine transmembrane transporter activity / guanine transmembrane transporter activity / purine nucleoside transmembrane transporter activity / cytidine transport / inosine transport / hypoxanthine transport / thymine transport / guanine transmembrane transport / uracil transmembrane transport / pyrimidine nucleobase transmembrane transport ...adenine transmembrane transporter activity / guanine transmembrane transporter activity / purine nucleoside transmembrane transporter activity / cytidine transport / inosine transport / hypoxanthine transport / thymine transport / guanine transmembrane transport / uracil transmembrane transport / pyrimidine nucleobase transmembrane transport / uracil transmembrane transporter activity / pyrimidine-containing compound transmembrane transport / purine nucleobase transmembrane transport / cytidine transmembrane transporter activity / nucleoside transport / uridine transmembrane transport / adenosine transport / nucleobase transport / nucleoside transmembrane transport / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / nucleoside transmembrane transporter activity / adenine transport / pyrimidine- and adenosine-specific:sodium symporter activity / purine nucleoside transmembrane transport / uridine transmembrane transporter activity / neurotransmitter uptake / Ribavirin ADME / neurotransmitter transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / nucleobase-containing compound metabolic process / Azathioprine ADME / neurotransmitter transport / transport across blood-brain barrier / lactation / xenobiotic metabolic process / excitatory postsynaptic potential / cellular response to glucose stimulus / presynapse / cellular response to hypoxia / basolateral plasma membrane / postsynapse / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoside transporter ENT1/ENT2 / Nucleoside transporter / Equilibrative nucleoside transporter / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NBM / Equilibrative nucleoside transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wright, N.J. / Lee, S.-Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35NS097241 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structures of human ENT1 in complex with adenosine reuptake inhibitors.
著者: Wright, N.J. / Lee, S.Y.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年9月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_related / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / refine / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _refine.ls_number_reflns_R_free / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Equilibrative nucleoside transporter 1
B: Equilibrative nucleoside transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5664
ポリマ－97,7272
非ポリマー8392
水00
1
A: Equilibrative nucleoside transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－48,8641
非ポリマー4191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Equilibrative nucleoside transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2832
ポリマ－48,8641
非ポリマー4191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.532, 72.532, 335.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Equilibrative nucleoside transporter 1 / Equilibrative nitrobenzylmercaptopurine riboside-sensitive nucleoside transporter / Equilibrative ...Equilibrative nitrobenzylmercaptopurine riboside-sensitive nucleoside transporter / Equilibrative NBMPR-sensitive nucleoside transporter / Nucleoside transporter / es-type / Solute carrier family 29 member 1


分子量: 48863.707 Da / 分子数: 2 / 変異: L168F, P175A, N288K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC29A1, ENT1 / プラスミド: pEG-BacMam / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99808
#2: 化合物 ChemComp-NBM / 6-{[(4-nitrophenyl)methyl]sulfanyl}-9-beta-D-ribofuranosyl-9H-purine


分子量: 419.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N5O6S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 500 MME, 0.1M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→62.82 Å / Num. obs: 21282 / % possible obs: 74.9 % / 冗長度: 7.8 %
詳細: This X-ray data was anisotropically corrected using the Staraniso webserver
CC1/2: 0.93 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 815 / CC1/2: 0.33 / % possible all: 21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OB7

6ob7


解像度: 2.9→62.815 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 812 5.15 %
Rwork0.2053 --
obs0.2137 16467 74.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→62.815 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5454 0 58 0 5512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5267723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5063195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035935
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9035-3.08520.3093420.2625773X-RAY DIFFRACTION21
3.0852-3.32310.27861030.23731774X-RAY DIFFRACTION48
3.3231-3.65680.25951800.21583415X-RAY DIFFRACTION94
3.6568-4.18440.2531820.20243461X-RAY DIFFRACTION95
4.1844-5.26620.22341400.19472686X-RAY DIFFRACTION73
5.2662-27.95610.27671830.21543485X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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