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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6npa | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase, with (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate | ||||||
![]() | TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / organophosphonate / iron oxygenase / HD-domain / gene annotation / enzyme | ||||||
機能・相同性 | HD domain / 酸化還元酵素 / HD domain / HD/PDEase domain / : / : / Chem-KVP / TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rajakovich, L.J. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A New Microbial Pathway for Organophosphonate Degradation Catalyzed by Two Previously Misannotated Non-Heme-Iron Oxygenases. 著者: Rajakovich, L.J. / Pandelia, M.E. / Mitchell, A.J. / Chang, W.C. / Zhang, B. / Boal, A.K. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23057.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET-28a(+) / 詳細 (発現宿主): NdeI/XhoI / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-FE2 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 mg/mL TmpB, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 27-33% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 76571 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 568175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4MLM 解像度: 1.73→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.853 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.129 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.85 Å2 / Biso mean: 23.865 Å2 / Biso min: 8.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.73→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.718→1.763 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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