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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ngz | ||||||
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タイトル | Structure of rat neuronal nitric oxide synthase heme domain in complex with (S)-6-(2,3-difluoro-5-(2-(1-methylpyrrolidin-2-yl)ethyl)phenethyl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor complex heme enzyme / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / Ion homeostasis / positive regulation of sodium ion transmembrane transport ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / アズール顆粒 / negative regulation of vasoconstriction / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / Ion homeostasis / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / response to nitric oxide / postsynaptic specialization, intracellular component / nitric oxide metabolic process / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / behavioral response to cocaine / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / ヘルト萼状シナプス / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / regulation of neurogenesis / sodium channel regulator activity / striated muscle contraction / negative regulation of insulin secretion / response to vitamin E / nitric-oxide synthase (NADPH) / regulation of postsynaptic membrane potential / multicellular organismal response to stress / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / arginine catabolic process / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADPH binding / regulation of sodium ion transport / nitric oxide mediated signal transduction / 横行小管 / sarcoplasmic reticulum membrane / response to organonitrogen compound / cellular response to epinephrine stimulus / negative regulation of blood pressure / nitric oxide biosynthetic process / photoreceptor inner segment / response to hormone / response to nutrient levels / response to activity / 筋小胞体 / response to nicotine / 分泌 / muscle contraction / female pregnancy / positive regulation of long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / cell periphery / phosphoprotein binding / response to lead ion / 筋鞘 / establishment of protein localization / potassium ion transport / response to organic cyclic compound / response to peptide hormone / cellular response to growth factor stimulus / Z disc / cellular response to mechanical stimulus / response to estrogen / vasodilation / calcium-dependent protein binding / calcium ion transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / response to ethanol / 核膜 / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / 細胞骨格 / response to hypoxia / calmodulin binding / 脂質ラフト / negative regulation of cell population proliferation / シナプス / glutamatergic synapse / 樹状突起 / heme binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019 タイトル: Optimization of Blood-Brain Barrier Permeability with Potent and Selective Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors Having a 2-Aminopyridine Scaffold. 著者: Do, H.T. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ngz.cif.gz | 368.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ngz.ent.gz | 298.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ngz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/6ngz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/6ngz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ng1C 6ng2C 6ng4C 6ng5C 6ng6C 6ng7C 6ng8C 6ngaC 6ngbC 6ngcC 6ngdC 6ngeC 6ngfC 6nghC 6ngiC 6ngjC 6ngkC 6nglC 6ngmC 6ngnC 6ngpC 6ngqC 6ngrC 6ngsC 6ngtC 6nguC 6ngvC 6ngwC 6ngxC 6ngyC 6nh0C 6nh1C 6nh2C 6nh3C 6nh4C 6nh5C 6nh6C 6nh7C 6nh8C 6nhbC 6nhcC 6nhdC 6nheC 6nhfC 1om4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48812.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nos1, Bnos / 器官: brain脳 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 6種, 337分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20-24% PEG3350, 0.1M MES 0.14-0.20M AMMONIUM ACETATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 30uM SDS, 5 mM GSH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月3日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→60 Å / Num. obs: 64049 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 3.732 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4440 / CC1/2: 0.351 / Rpim(I) all: 2.611 / Rsym value: 3.732 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1OM4 解像度: 2→48.879 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.879 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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