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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6myr | ||||||
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タイトル | Avian mitochondrial complex II with thiapronil bound | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Complex II / membrane protein / heme protein / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Citric acid cycle (TCA cycle) / The tricarboxylic acid cycle / succinate metabolic process / succinate dehydrogenase activity / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane ...Citric acid cycle (TCA cycle) / The tricarboxylic acid cycle / succinate metabolic process / succinate dehydrogenase activity / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / protein transmembrane transporter activity / ubiquinone binding / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, L.-S. / Luemmen, P. / Berry, E.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic investigation of the ubiquinone binding site of respiratory Complex II and its inhibitors. 著者: Huang, L.S. / Lummen, P. / Berry, E.A. #1: ![]() タイトル: 3-nitropropionic acid is a suicide inhibitor of mitochondrial respiration that, upon oxidation by complex II, forms a covalent adduct with a catalytic base arginine in the active site of the enzyme. 著者: Huang, L.S. / Sun, G. / Cobessi, D. / Wang, A.C. / Shen, J.T. / Tung, E.Y. / Anderson, V.E. / Berry, E.A. #2: ![]() タイトル: Crystallographic studies of the binding of ligands to the dicarboxylate site of Complex II, and the identity of the ligand in the "oxaloacetate-inhibited" state. 著者: Huang, L.S. / Shen, J.T. / Wang, A.C. / Berry, E.A. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2005 タイトル: Crystallization of mitochondrial respiratory complex II from chicken heart: a membrane-protein complex diffracting to 2.0 A. 著者: Huang, L.S. / Borders, T.M. / Shen, J.T. / Wang, C.J. / Berry, E.A. #4: ![]() タイトル: Crystal structure of mitochondrial respiratory membrane protein complex II. 著者: Sun, F. / Huo, X. / Zhai, Y. / Wang, A. / Xu, J. / Su, D. / Bartlam, M. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 570 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 388.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Succinate dehydrogenase [ubiquinone] ... , 3種, 3分子 ABD
#1: タンパク質 | 分子量: 68256.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F1NPJ4, UniProt: Q9YHT1*PLUS, succinate dehydrogenase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28685.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 10971.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#16: 糖 | ChemComp-BOG / |
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#3: タンパク質 | 分子量: 15378.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: D0VWW3, UniProt: A0A3Q2U2Y6*PLUS, succinate dehydrogenase |
-非ポリマー , 13種, 243分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/OAA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/K7G.gif)
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![](data/chem/img/3PE.gif)
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![](data/chem/img/OAA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/K7G.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/UMQ.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||||||||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-OAA / | ||||||||||||||||
#7: 化合物 | ChemComp-K / | ||||||||||||||||
#8: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||||||||||||||
#9: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 #10: 化合物 | ChemComp-FES / | #11: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #12: 化合物 | ChemComp-F3S / | #13: 化合物 | ChemComp-K7G / | #14: 化合物 | ChemComp-HEM / | #15: 化合物 | ChemComp-UMQ / | #17: 化合物 | ChemComp-3PE / | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 47 g/L PEG3350, 30 mL/L PEG400, 23 mL/L isopropanol, 0.05 M HEPES sodium, 0.01 M Tris-HCl, 3.1 mM manganese chloride, 0.62 mM magnesium chloride, 1.5 mM sodium azide, 0.25 mM sodium EDTA, 10 ...詳細: 47 g/L PEG3350, 30 mL/L PEG400, 23 mL/L isopropanol, 0.05 M HEPES sodium, 0.01 M Tris-HCl, 3.1 mM manganese chloride, 0.62 mM magnesium chloride, 1.5 mM sodium azide, 0.25 mM sodium EDTA, 10 g/L octyl beta-D-glucoside, undecyl-beta-D-maltoside, crystal was soaked with thiapronil after crystallization |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.145→51.52 Å / Num. obs: 89869 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 47.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 2.21 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3430 / % possible all: 42 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1YQ3 解像度: 2.15→47.93 Å / SU ML: 0.3093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.1413 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.6764665905 Å / Origin y: 18.7004795496 Å / Origin z: 111.660110401 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |