PDB-6mxy: Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small mol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mxy

タイトル

Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC3351

要素

TP53-binding protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / DNA damage response / Tudor domain / 53BP1 / small molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-modified histone reader activity / histone H4K20me2 reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / DNA repair complex / : / telomeric DNA binding / SUMOylation of transcription factors ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.624 Å

データ登録者

Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: An autoinhibited state of 53BP1 revealed by small molecule antagonists and protein engineering.
著者: Cui, G. / Botuyan, M.V. / Drane, P. / Hu, Q. / Bragantini, B. / Thompson, J.R. / Schuller, D.J. / Detappe, A. / Perfetti, M.T. / James, L.I. / Frye, S.V. / Chowdhury, D. / Mer, G.

履歴

登録	2018年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mxy.cif.gz	167 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mxy.ent.gz	134.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mxxC 6mxzC 6my0C 8u4uC 2g3rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m6o-d 5l7z-d 1v9k-2 4gu8-5 6ehv-d 4fbr-d 3w8d-d 3w8f-d 4gu8-7 3dd6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (5) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (5)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (4)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TP53-binding protein 1

B: TP53-binding protein 1

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.570, 60.570, 138.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	TP53-binding protein 1 / p53BP1 分子量: 13944.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53BP1 / プラスミド: pTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12888
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K6M / N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(trifluoromethyl)benzamide 分子量: 302.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁F₃N₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.6; 1M ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6299 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6299 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.624→18.48 Å / Num. obs: 37788 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.07398 / R_pim(I) all: 0.02217 / R_rim(I) all: 0.07734 / Net I/σ(I): 30.61
反射シェル	解像度: 1.624→1.682 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.7412 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3659 / R_pim(I) all: 0.2749 / R_rim(I) all: 0.7922 / % possible all: 97.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G3R

2g3r

解像度: 1.624→18.48 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	1985	5.25 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.1807	37781	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.624→18.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1955	0	46	348	2349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2083
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.463	2815
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.474	1233
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6244-1.665	0.2808	137	0.2493	2463	X-RAY DIFFRACTION	97
1.665-1.7099	0.2919	140	0.2242	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7099-1.7602	0.2218	135	0.2124	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7602-1.817	0.2491	139	0.2081	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.817-1.8819	0.2512	146	0.2081	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8819-1.9571	0.2504	142	0.1985	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9571-2.0461	0.2145	136	0.1852	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0461-2.1538	0.209	144	0.1778	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1538-2.2885	0.1995	139	0.1706	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2885-2.4649	0.219	144	0.1711	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4649-2.7122	0.2127	142	0.1678	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7122-3.1031	0.1978	146	0.1689	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1031-3.9035	0.1766	147	0.1548	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9035-18.481	0.1955	148	0.1651	2747	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3996	1.6547	1.6204	5.6172	-1.4691	1.2427	0.103	0.4455	0.732	-0.4256	-0.0433	-0.2243	-0.6642	0.4207	-0.0656	0.2599	-0.1083	0.1107	0.1589	-0.0038	0.1393	1.2418	41.0692	-20.16
2	1.5581	1.7653	-0.8666	4.8674	-1.8496	2.3557	0.0632	-0.2218	-0.2747	0.2408	-0.2825	-0.4634	0.2433	0.1023	0.2388	0.1579	-0.0859	0.0138	0.0906	-0.0009	0.0763	-5.7216	23.2553	-10.1067
3	0.6437	0.3773	-0.3475	0.7727	0.0544	0.3095	0.0453	-0.0653	0.0055	0.0025	0.0049	-0.079	-0.0439	0.0865	-0.0465	0.1155	-0.1221	0.0277	0.0442	-0.071	0.0289	-0.1711	31.6408	-11.1556
4	0.2085	0.0497	-0.0668	0.1774	0.0385	0.1994	0.0463	-0.0242	-0.0651	0.0221	-0.017	0.0415	0.0122	0.0256	0.0103	0.1209	-0.1354	0.0268	0.0265	-0.0233	0.0563	-10.6154	24.1788	-12.7118
5	2.8996	-2.3286	0.0966	4.2021	0.564	3.6616	0.0603	0.1021	0.3259	-0.3997	-0.0618	-0.2589	-0.3137	0.1239	0.0039	0.1008	-0.0754	-0.0348	0.0762	0.0108	0.0775	-20.3947	25.9783	-22.1945
6	2.2242	-0.0189	0.3606	1.033	0.0198	1.2843	0.0135	-0.0049	0.0604	0.0126	-0.0282	0.1848	-0.0604	-0.0789	0.054	0.0832	-0.1219	-0.0182	-0.001	-0.0221	0.0542	-21.3826	25.867	-16.6395
7	3.4387	1.0568	0.0207	2.9531	0.1383	3.2059	0.0048	0.1737	-0.441	-0.1509	-0.0106	-0.0391	0.3912	-0.0638	0.008	0.139	-0.021	0.0316	0.0548	-0.0634	0.097	-4.2138	19.269	-21.0389
8	2.0234	-0.4295	-0.2827	1.899	-0.4423	1.3098	0.0561	-0.1588	-0.1305	0.1463	-0.1185	-0.0618	-0.0667	0.134	0.0635	0.1542	-0.2676	0.1197	0.0407	0.0676	0.0093	-15.0879	22.6817	8.8195
9	0.1495	0.3277	-1.0692	3.8357	-2.3509	7.6376	0.1182	-0.3412	-0.1304	0.5225	-0.508	-0.5272	0.0352	0.5951	0.4022	0.1827	-0.1406	-0.0246	0.2165	0.0668	0.0987	-10.984	18.3304	9.6569
10	0.878	-0.1574	-0.49	0.61	0.085	1.9597	0.1157	-0.2464	-0.0217	0.2206	-0.122	-0.0839	-0.0254	0.1891	-0.0107	0.1364	-0.1526	0.019	0.1354	0.0211	0.0684	-10.1477	22.1326	5.7977
11	1.4437	1.3697	-0.8021	1.5958	-1.4645	2.1163	0.1086	-0.0437	0.1907	0.2606	0.1139	0.2792	-0.3581	-0.0907	-0.2419	0.293	-0.135	0.1537	0.153	-0.0226	0.1468	-23.5413	30.945	9.8029
12	3.5387	0.5879	-3.8395	1.4353	-0.1323	5.5304	0.2099	-0.2016	0.2327	0.0961	0.0016	0.0396	-0.3918	0.2777	-0.2103	0.2271	-0.0987	0.0883	0.0762	-0.0361	0.1338	-15.7148	39.3691	-3.9498
13	6.8231	6.8284	1.7617	8.6056	1.3731	1.1864	-0.1526	0.1857	-0.1487	-0.1439	0.1087	0.2901	0.059	-0.2229	0.0707	0.317	-0.0665	0.2266	0.1865	-0.0627	0.4441	-29.6875	34.6297	0.9795
14	3.3676	0.5778	0.6536	7.0882	-0.4926	3.6487	-0.2337	0.1493	0.1649	-0.2601	0.2652	0.4212	-0.2077	0.0562	0.001	0.179	-0.0502	0.1056	0.0944	-0.0012	0.2807	-27.9159	33.413	-1.9012
15	2.4594	-0.0527	0.9106	1.9855	-0.3741	2.2057	-0.121	0.0994	0.4282	-0.0741	0.1296	0.3363	-0.4322	-0.0285	-0.0385	0.2421	-0.08	0.1002	0.0311	0.0123	0.2203	-23.9256	36.8735	-1.8076
16	3.1608	1.9346	-1.089	4.4761	-2.648	1.5676	0.1548	-0.4789	0.0231	0.7736	-0.1021	0.2564	-0.2494	0.0055	-0.062	0.5212	-0.1777	0.088	0.2565	-0.0291	0.1734	-15.7883	34.2405	14.6237

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1481 through 1489 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1490 through 1500 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1501 through 1519 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1520 through 1554 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1555 through 1563 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1564 through 1589 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1590 through 1603 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1482 through 1509 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1510 through 1519 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1520 through 1531 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1532 through 1542 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1543 through 1554 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1555 through 1564 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1565 through 1574 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 1575 through 1589 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1590 through 1603 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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