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万見
- PDB-6mps: TagT bound to LIIa-WTA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mps
タイトルTagT bound to LIIa-WTA
要素Polyisoprenyl-teichoic acid--peptidoglycan teichoic acid transferase TagT
キーワードTRANSFERASE / LytR-Cps2A-Psr / LCP / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / cell wall organization / transferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #590 / LCP protein / : / Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / Aminopeptidase / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JXD / Polyisoprenyl-teichoic acid--peptidoglycan teichoic acid transferase TagT
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Owens, T.W. / Schaefer, K. / Kahne, D. / Walker, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM076710 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109764 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM066174 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Substrate Preferences Establish the Order of Cell Wall Assembly in Staphylococcus aureus.
著者: Schaefer, K. / Owens, T.W. / Kahne, D. / Walker, S.
履歴
登録2018年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyisoprenyl-teichoic acid--peptidoglycan teichoic acid transferase TagT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1164
ポリマ－32,0631
非ポリマー1,0533
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.373, 66.373, 145.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-663-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polyisoprenyl-teichoic acid--peptidoglycan teichoic acid transferase TagT


分子量: 32063.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: tagT, ywtF, BSU35840 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7WY78, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-JXD / 2-(acetylamino)-4-O-[2-(acetylamino)-2-deoxy-beta-D-mannopyranosyl]-2-deoxy-1-O-[(S)-{[(R)-{[(2Z,6Z,10Z,14E,18E)-3,7,11,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaen-1-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-alpha-D-glucopyranose


分子量: 993.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H78N2O17P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0-7.5, 20-22% w/v PEG 3350, and 200 mM MgCl2
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→60.39 Å / Num. obs: 27947 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 118106 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.86-1.94.21.88215910.3041.0232.1594.4
9.09-60.393.60.0192800.9990.0120.02394.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.43 Å60.36 Å
Translation5.43 Å60.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSMay 1, 2016データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MEJ

3mej


解像度: 1.86→60.355 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 1363 4.9 %
Rwork0.2156 --
obs0.2165 27824 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.25 Å2 / Biso mean: 54.4529 Å2 / Biso min: 25.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→60.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1972 0 145 180 2297
Biso mean--67.71 50.05 -
残基数----255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5512787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1131238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.86-1.92650.36961330.349626072740100
1.9265-2.00360.33511390.313526092748100
2.0036-2.09480.29141620.269325812743100
2.0948-2.20530.26031370.260926182755100
2.2053-2.34340.26561280.237526402768100
2.3434-2.52440.23481290.225726422771100
2.5244-2.77840.2671250.23572654277999
2.7784-3.18040.25321380.22422646278499
3.1804-4.00690.17861330.19062683281698
4.0069-60.38690.22831390.19312781292096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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