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- PDB-6mdu: Crystal structure of NDM-1 with compound 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mdu
タイトルCrystal structure of NDM-1 with compound 7
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Carbapenemase / tetrazole / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N1G / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Akhtar, A. / Chen, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103158 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019
タイトル: Active-Site Druggability of Carbapenemases and Broad-Spectrum Inhibitor Discovery.
著者: Torelli, N.J. / Akhtar, A. / DeFrees, K. / Jaishankar, P. / Pemberton, O.A. / Zhang, X. / Johnson, C. / Renslo, A.R. / Chen, Y.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1575
ポリマ－24,6031
非ポリマー5544
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.680, 58.870, 42.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 24602.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-N1G / 1,5-diphenyl-N-(1H-tetrazol-5-yl)-1H-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 331.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M Potassium Phosphate, 0.01 M Calcium Chloride, 25%(w/v) PEG-8000

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→33.98 Å / Num. all: 69492 / Num. obs: 69492 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 9.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 172082
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.15-1.210.4232497399870.7930.0190.0310.024296.7
3.64-33.980.024546822210.9990.0220.0360.02817.695.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.15 Å33.79 Å
Translation1.15 Å33.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZF

4tzf


解像度: 1.15→33.786 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1957 3523 5.07 %
Rwork0.167 65929 -
obs0.1684 69452 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.96 Å2 / Biso mean: 14.9127 Å2 / Biso min: 5.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→33.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 33 303 2037
Biso mean--11.82 29.41 -
残基数----229
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.16580.2541430.24612608275196
1.1658-1.18240.25681210.22992593271496
1.1824-1.20010.2041390.21252633277297
1.2001-1.21880.27271160.21982610272697
1.2188-1.23880.27231320.24622622275497
1.2388-1.26020.21381390.1962606274597
1.2602-1.28310.21511310.19242626275797
1.2831-1.30780.31131620.2692621278397
1.3078-1.33440.21551540.18162608276297
1.3344-1.36350.19791550.1682625278098
1.3635-1.39520.21481350.1672653278898
1.3952-1.43010.18161390.15582610274998
1.4301-1.46870.19271310.1522675280698
1.4687-1.5120.20551420.14622639278198
1.512-1.56080.16441390.13562651279098
1.5608-1.61650.16111180.14052704282298
1.6165-1.68130.18181290.14142685281499
1.6813-1.75780.1741540.14692648280298
1.7578-1.85040.17311380.15312656279499
1.8504-1.96640.22011580.19372630278897
1.9664-2.11820.15541650.14812654281999
2.1182-2.33130.21851570.18872484264192
2.3313-2.66850.19761470.16372693284099
2.6685-3.36160.16711350.152827332868100
3.3616-33.80070.18561440.14812662280695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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