+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mll | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of KPC-2 with compound 7 | ||||||
Components | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Carbapenemase / tetrazole / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Akhtar, A. / Chen, Y. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2019 Title: Active-Site Druggability of Carbapenemases and Broad-Spectrum Inhibitor Discovery. Authors: Torelli, N.J. / Akhtar, A. / DeFrees, K. / Jaishankar, P. / Pemberton, O.A. / Zhang, X. / Johnson, C. / Renslo, A.R. / Chen, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mll.cif.gz | 69.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6mll.ent.gz | 47.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mll.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mll_validation.pdf.gz | 724.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6mll_full_validation.pdf.gz | 725.2 KB | Display | |
Data in XML | 6mll_validation.xml.gz | 12.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6mll_validation.cif.gz | 17.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mll | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6efjC 6m7iC 6md8C 6mduC 6meyC 6miaC 6mnpC 3c5aS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30806.631 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: bla, kpc, kpc1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9F663, beta-lactamase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-N1G / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.44 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% (v/v) Ethanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.86→50 Å / Num. obs: 21617 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1.385 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 146101 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3C5A Resolution: 1.86→35.824 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.43
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.05 Å2 / Biso mean: 26.2147 Å2 / Biso min: 12.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.86→35.824 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|