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- PDB-6m7x: Structure of human CYP11B1 in complex with fadrozole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m7x
タイトルStructure of human CYP11B1 in complex with fadrozole
要素Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / CYP11B1 / S-fadrozole / cortisol
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CYP11B1 causes AH4 / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process ...Defective CYP11B1 causes AH4 / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process / cellular response to potassium ion / C21-steroid hormone biosynthetic process / cellular response to peptide hormone stimulus / Endogenous sterols / cellular response to hormone stimulus / cholesterol metabolic process / regulation of blood pressure / glucose homeostasis / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / immune response / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, mitochondrial / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-JD7 / Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Scott, E.E. / Brixius-Anderko, S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure of human cortisol-producing cytochrome P450 11B1 bound to the breast cancer drug fadrozole provides insights for drug design.
著者: Brixius-Anderko, S. / Scott, E.E.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
B: Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0326
ポリマ－111,3532
非ポリマー1,6804
水7,710428
1
A: Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5163
ポリマ－55,6761
非ポリマー8402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 11B1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5163
ポリマ－55,6761
非ポリマー8402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.570, 140.570, 145.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 11B1, mitochondrial / CYPXIB1 / Cytochrome P-450c11 / Cytochrome P450C11 / Steroid 11-beta-hydroxylase


分子量: 55676.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP11B1, S11BH / プラスミド: pCWori+ / 発現宿主: Escherichia coli DH5alpha (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P15538, steroid 11beta-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-JD7 / 4-[(5S)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-5-yl]benzonitrile / fadrozole / (S)-ファドロゾ-ル


分子量: 223.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M imidazole (pH 7.0), 12% PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→38.45 Å / Num. obs: 82404 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 11667 / Rpim(I) all: 0.443 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDH

4fdh


解像度: 2.095→38.446 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1975 2.41 %
Rwork0.1886 --
obs0.1894 82037 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→38.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7574 0 34 428 8036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5410652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.324662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0954-2.14780.34391300.2995274X-RAY DIFFRACTION92
2.1478-2.20590.2961370.27015754X-RAY DIFFRACTION99
2.2059-2.27080.31971400.25425766X-RAY DIFFRACTION100
2.2708-2.34410.34361380.27695624X-RAY DIFFRACTION98
2.3441-2.42790.27721350.22375705X-RAY DIFFRACTION99
2.4279-2.5250.26161430.21675756X-RAY DIFFRACTION100
2.525-2.63990.26311530.21455720X-RAY DIFFRACTION100
2.6399-2.77910.28721440.2155736X-RAY DIFFRACTION100
2.7791-2.95310.27581390.20885734X-RAY DIFFRACTION100
2.9531-3.18110.26641390.20465783X-RAY DIFFRACTION100
3.1811-3.5010.21921510.19635779X-RAY DIFFRACTION100
3.501-4.00710.18861420.16465766X-RAY DIFFRACTION100
4.0071-5.04680.15541440.14545799X-RAY DIFFRACTION100
5.0468-38.45240.17891400.17055866X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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