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万見
- PDB-6lxy: IRAK4 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxy
タイトルIRAK4 in complex with inhibitor
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / IRAK4 / KINASE / INHIBITOR / CANCER / SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / kinase activity / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / cell surface / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EXF / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Ghosh, K. / Bose, S.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Optimization of Nicotinamides as Potent and Selective IRAK4 Inhibitors with Efficacy in a Murine Model of Psoriasis.
著者: Nair, S. / Kumar, S.R. / Paidi, V.R. / Sistla, R. / Kantheti, D. / Polimera, S.R. / Thangavel, S. / Mukherjee, A.J. / Das, M. / Bhide, R.S. / Pitts, W.J. / Murugesan, N. / Dudhgoankar, S. / ...著者: Nair, S. / Kumar, S.R. / Paidi, V.R. / Sistla, R. / Kantheti, D. / Polimera, S.R. / Thangavel, S. / Mukherjee, A.J. / Das, M. / Bhide, R.S. / Pitts, W.J. / Murugesan, N. / Dudhgoankar, S. / Nagar, J. / Subramani, S. / Mazumder, D. / Carman, J.A. / Holloway, D.A. / Li, X. / Fereshteh, M.P. / Ruepp, S. / Palanisamy, K. / Mariappan, T.T. / Maddi, S. / Saxena, A. / Elzinga, P. / Chimalakonda, A. / Ruan, Q. / Ghosh, K. / Bose, S. / Sack, J. / Yan, C. / Kiefer, S.E. / Xie, D. / Newitt, J.A. / Saravanakumar, S.P. / Rampulla, R.A. / Barrish, J.C. / Carter, P.H. / Hynes Jr., J.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
E: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,79211
ポリマ－136,7704
非ポリマー2,0227
水5,080282
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6262
ポリマ－34,1931
非ポリマー4331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7223
ポリマ－34,1931
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
3
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7223
ポリマ－34,1931
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
4
E: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7223
ポリマ－34,1931
非ポリマー5302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.670, 140.810, 86.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.700, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 34192.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EXF / N-[(2R)-2-fluoranyl-3-methyl-3-oxidanyl-butyl]-6-[(6-fluoranylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl)amino]-4-(propan-2-ylamino)pyridine-3-carboxamide


分子量: 433.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25F2N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulphate / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 64970 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.283.10.53958181.056187.1
2.28-2.373.20.49360721.011191.7
2.37-2.483.40.42663951.031196.1
2.48-2.613.60.36965561.019198.5
2.61-2.773.80.3166811.073199.9
2.77-2.993.80.22566661.0741100
2.99-3.293.80.14366661.0461100
3.29-3.763.80.09266981.053199.9
3.76-4.743.70.0766641.049199.8
4.74-503.70.0667541.009199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 3252 5.01 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.202 64957 96.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.46 Å2 / Biso mean: 43.27 Å2 / Biso min: 13.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4354 Å20 Å2-18.3719 Å2
2--13.4025 Å20 Å2
3----2.9671 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8712 0 139 282 9133
Biso mean--36.57 43.09 -
残基数----1172
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2975SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1629HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9009HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1233SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10366SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9009HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12263HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.03
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 60 4.62 %
Rwork0.2753 1240 -
all0.2755 1300 -
obs--61.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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