[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6lq8: Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lq8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant from Mycobacteria smegmatis in complex with C22CoA | ||||||
Components | Acyl-CoA dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information long-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / : / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Liu, X. / Chen, X.B. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria. Authors: Chen, X.B. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lq8.cif.gz | 285.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6lq8.ent.gz | 225.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lq8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6lq8_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6lq8_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 6lq8_validation.xml.gz | 58.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6lq8_validation.cif.gz | 87.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lq8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6kptC 6kriC 6ks9C 6ksaC 6ksbC 6kseC 6lpyC 6lq0C 6lq1C 6lq2C 6lq3C 6lq4C 6lq5C 6lq6C 6lq7C C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 66630.281 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E447A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Gene: fadE5, ERS451418_00380 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.26 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation Details: 0.1 M Hepes sodium (pH 7.0), 2% v/v PEG 400, 2 M (NH4)2SO4, 1 mM FAD and 1.2 mM C22CoA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9875 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9875 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→19.65 Å / Num. obs: 127408 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 13.528 % / Biso Wilson estimate: 27.035 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 21.69 / Num. measured all: 1723599 / Scaling rejects: 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.85→19.65 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.11 / Phase error: 18.42
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.35 Å2 / Biso mean: 24.8444 Å2 / Biso min: 10.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→19.65 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|