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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lin | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human PDK2 complexed with GM10030 | ||||||
![]() | [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial | ||||||
![]() | TRANSFERASE / mitochondria / kinase / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kang, J. / Kim, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the inhibition of PDK2 by novel ATP- and lipoyl-binding site targeting compounds. 著者: Kang, J. / Pagire, H.S. / Kang, D. / Song, Y.H. / Lee, I.K. / Lee, K.T. / Park, C.J. / Ahn, J.H. / Kim, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 301.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 239.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | [ 分子量: 46335.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase |
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-非ポリマー , 5種, 158分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EH0.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EH0.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-EH0 / #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.67→50 Å / Num. obs: 49194 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.245 / Χ2: 1.851 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 259808 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MP2 解像度: 2.67→39.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 17.655 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.03 Å2 / Biso mean: 48.125 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.67→39.08 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.67→2.739 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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