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万見
- PDB-6l4q: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falcip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4q
タイトルCrystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum complexed with L-lysine and Clado-B
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR / Cladosporin Analog / Stereochemistry / Amino-acyl tRNA synthetase / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space ...ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E5R / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Babbar, P. / Sharma, A. / Manickam, Y. / Mishra, S. / Harlos, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)PR13636 インド
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum complexed with L-lysine and Cladosporin inhibitor, Cla-B
著者: Babbar, P. / Sato, M. / Manickam, Y. / Mishra, S. / Harlos, K. / Gupta, S. / Parvez, S. / Kikuchi, H. / Sharma, A.
#1: ジャーナル: J. Struct. Funct. Genomics / 年: 2014
タイトル: Structural basis of malaria parasite lysyl-tRNA synthetase inhibition by cladosporin.
著者: Khan, S. / Sharma, A. / Belrhali, H. / Yogavel, M. / Sharma, A.
履歴
登録2019年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Lysine--tRNA ligase
A: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2916
ポリマ－117,4142
非ポリマー8774
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area40500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.181, 121.833, 179.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 58706.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1350100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IDJ8, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-E5R / (3R)-3-[[(3R)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydroisochromen-1-one


分子量: 291.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21NO4
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Carboxylic acids-0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate Buffer System- ...詳細: 0.1M Carboxylic acids-0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate Buffer System- Imidazole; MES monohydrate (acid) 50% v/v Precipitant Mix25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293.14 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→59.9 Å / Num. obs: 23834 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 61.172 Å2 / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3-3.0511810.2198.7
8.14-59.91134211100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc1_3423精密化
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PG3

4pg3


解像度: 3.1→57.692 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1046 4.86 %
Rwork0.2325 20468 -
obs0.2351 21514 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.2 Å2 / Biso mean: 67.3896 Å2 / Biso min: 20.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→57.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7937 0 62 50 8049
Biso mean--67.15 42.25 -
残基数----972
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.26350.39661280.3231287299
3.2635-3.46790.36131480.29162863100
3.4679-3.73560.31691690.26292873100
3.7356-4.11150.3231570.23232874100
4.1115-4.70620.24371390.19052938100
4.7062-5.92830.26351670.21882926100
5.9283-57.690.24681380.21723122100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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