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- PDB-6kvs: Staphylococcus aureus FabH with covalent inhibitor Oxa1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kvs
タイトルStaphylococcus aureus FabH with covalent inhibitor Oxa1
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Covalent inhibitor / Complex / ketoacyl-ACP synthase III / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OAX / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yuan, Y. / Wang, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of S. aureus FabH, beta-ketoacyl carrier protein synthase
著者: Qiu, X. / Choudhry, A.E.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3664
ポリマ－67,8332
非ポリマー5332
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.754, 91.573, 109.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / ketoacyl-ACP synthase III / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP ...ketoacyl-ACP synthase III / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III


分子量: 33916.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu3 / ATCC 700698) (黄色ブドウ球菌)
株: Mu3 / ATCC 700698 / 遺伝子: fabH, SAHV_0978 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A7X0K2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物 ChemComp-OAX / 4-chloranyl-N-[[cyclopropylmethyl(methanoyl)amino]methyl]benzamide


分子量: 266.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15ClN2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 sodium citrate ammoinium acetate / PH範囲: 5.4-5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPic-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→22.4 Å / Num. obs: 29342 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.39
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Num. unique obs: 2936

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZOW

1zow


解像度: 2.3→22.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.264 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2615 1471 5 %RANDOM
Rwork0.1984 ---
obs0.2016 27706 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.18 Å2 / Biso mean: 25.789 Å2 / Biso min: 9.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→22.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4782 0 0 261 5043
Biso mean---28.24 -
残基数----626
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 109 -
Rwork0.266 1991 -
all-2100 -
obs--98.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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