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- PDB-6kux: Crystal structures of the alpha2A adrenergic receptor in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kux
タイトルCrystal structures of the alpha2A adrenergic receptor in complex with an antagonist RSC.
要素alpha2A adrenergic receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha2A adrenergic receptor / antagonist / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion ...negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion / heterotrimeric G-protein binding / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Surfactant metabolism / positive regulation of potassium ion transport / dopaminergic synapse / thermoception / fear response / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / norepinephrine binding / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / Adrenoceptors / response to alcohol / intestinal absorption / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to morphine / positive regulation of wound healing / adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of vasoconstriction / cellular response to hormone stimulus / Rho protein signal transduction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / presynaptic active zone membrane / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cytokine production / female pregnancy / negative regulation of insulin secretion / postsynaptic density membrane / platelet activation / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / glucose homeostasis / actin cytoskeleton organization / G alpha (i) signalling events / basolateral plasma membrane / Ras protein signal transduction / DNA replication / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 2A adrenoceptor / Cytochrome c/b562 / Adrenoceptor family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...Alpha 2A adrenoceptor / Cytochrome c/b562 / Adrenoceptor family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3F / CITRATE ANION / OLEIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alpha-2A adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Qu, L. / Zhou, Q.T. / Wu, D. / Zhao, S.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of the alpha2A adrenergic receptor in complex with an antagonist RSC.
著者: Qu, L. / Zhou, Q.T. / Wu, D. / Zhao, S.W.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha2A adrenergic receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8589
ポリマ－44,4911
非ポリマー1,3678
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.170, 71.790, 284.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 alpha2A adrenergic receptor


分子量: 44490.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08913*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-E3F / (8~{a}~{R},12~{a}~{S},13~{a}~{S})-12-ethylsulfonyl-3-methoxy-5,6,8,8~{a},9,10,11,12~{a},13,13~{a}-decahydroisoquinolino[2,1-g][1,6]naphthyridine / RS-79948


分子量: 364.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28N2O3S
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 290mM Ammonium chloride, 30% PEG400, 7% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.7 Å / Num. obs: 18743 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Num. unique obs: 2155 / CC1/2: 0.46 / % possible all: 73.4
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y02

2y02


解像度: 2.7→47.385 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 867 4.63 %
Rwork0.2511 --
obs0.252 18724 91.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.385 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2900 0 79 0 2979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5264135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6421802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003508
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8691 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 109 -
Rwork0.2511 2332 -
obs--73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.88630.62151.08990.27591.52256.0010.0278-0.96940.10750.18970.55630.0659-1.14641.7109-0.22381.7608-0.18290.18121.4739-0.51170.7221-2.3629-4.9629-33.3038
26.75892.12120.95627.9903-0.10523.92720.02680.0133-0.14150.1850.08380.17860.2116-0.2315-0.13690.3097-0.0049-0.00750.3075-0.01090.7441-11.3049-34.386-70.0184
34.6540.1353.77810.5670.16792.6944-0.1833-0.0066-0.18160.8070.343-0.53681.51692.9610.05281.75870.33650.02471.6924-0.42920.83470.0879-15.3426-35.5685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 227 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1001 through 1106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 365 through 443 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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