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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6keu | ||||||
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タイトル | Wildtype E53, a microbial HSL esterase | ||||||
要素 | Lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / esterase / Hormone-sensitive lipase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Erythrobacter longus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, X.C. / Li, Z.Y. / Xu, X.W. / Li, J.X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Wildtype E53, a microbial HSL esterase 著者: Yang, X.C. / Yingyi, H. / Li, Z.Y. / Shuling, J. / Zhen, R. / Zhao, W. / Henglin, C. / Li, J.X. / Xu, X.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6keu.cif.gz | 340.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6keu.ent.gz | 219.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6keu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6keu_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6keu_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6keu_validation.xml.gz | 61.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6keu_validation.cif.gz | 93.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/6keu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/6keu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ypvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 32811.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Erythrobacter longus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A074MDU6 |
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-非ポリマー , 6種, 1564分子
#2: 化合物 | ChemComp-D8F / ( #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-6NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG MME550, Bis-Tris, Calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→47.8 Å / Num. obs: 139433 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 1.92 % / Biso Wilson estimate: 24.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 27.42 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Num. unique obs: 13627 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YPV 解像度: 1.99→42.49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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