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- PDB-6jiz: Apo structure of an imine reductase at 1.76 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jiz
タイトルApo structure of an imine reductase at 1.76 Angstrom resolution
要素6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / imine reductases / highly active / stereoselective / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid catabolic process / NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 3-ethylheptane / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / AMMONIUM ION / 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Stackebrandtia nassauensis DSM 44728 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.763 Å
データ登録者Li, H. / Wu, L. / Zheng, G.W. / Zhou, J.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21878085 中国
National Natural Science Foundation of China21536004 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo structure of an imine reductase at 1.76 Angstrom resolution
著者: Li, H. / Wu, L. / Zheng, G.W. / Zhou, J.H.
履歴
登録2019年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,06622
ポリマ－93,4153
非ポリマー1,65019
水17,006944
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,78414
ポリマ－62,2772
非ポリマー50712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,x-y-1,-z1
Buried area9810 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
2
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,67415
ポリマ－62,2772
非ポリマー1,39713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11310 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.659, 106.659, 168.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-721-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein


分子量: 31138.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stackebrandtia nassauensis DSM 44728 (バクテリア)
遺伝子: Snas_4330 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D3Q3R0

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非ポリマー , 8種, 963分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-LW9 / 3-ethylheptane / 3-エチルヘプタン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#7: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H28N7O17P3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-tris pH 7.0, 1M citrate sodium pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.763→50 Å / Num. obs: 2076998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / CC1/2: 0.246 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 36.227
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / CC1/2: 0.694

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.763→48.003 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1918 5423 5.03 %
Rwork0.1639 --
obs0.1653 107746 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.763→48.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6446 0 101 944 7491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8329399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7694124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7635-1.78350.28461820.24663249X-RAY DIFFRACTION96
1.7835-1.80450.27311700.24083372X-RAY DIFFRACTION99
1.8045-1.82650.28771940.22713402X-RAY DIFFRACTION100
1.8265-1.84960.21881750.20773364X-RAY DIFFRACTION100
1.8496-1.8740.2381770.20383409X-RAY DIFFRACTION100
1.874-1.89960.23851700.20173400X-RAY DIFFRACTION100
1.8996-1.92680.21911620.19693387X-RAY DIFFRACTION100
1.9268-1.95550.22791760.19883429X-RAY DIFFRACTION100
1.9555-1.98610.22492090.18963388X-RAY DIFFRACTION100
1.9861-2.01870.23991920.19983378X-RAY DIFFRACTION100
2.0187-2.05350.21861920.18843412X-RAY DIFFRACTION100
2.0535-2.09080.22592060.17983346X-RAY DIFFRACTION100
2.0908-2.1310.20621730.17163409X-RAY DIFFRACTION100
2.131-2.17450.19451900.16623422X-RAY DIFFRACTION100
2.1745-2.22180.19441610.16453423X-RAY DIFFRACTION100
2.2218-2.27350.1811560.16253405X-RAY DIFFRACTION100
2.2735-2.33030.2041780.16763401X-RAY DIFFRACTION100
2.3303-2.39330.20221940.16683389X-RAY DIFFRACTION100
2.3933-2.46380.19571640.16633439X-RAY DIFFRACTION100
2.4638-2.54330.21091950.17393406X-RAY DIFFRACTION100
2.5433-2.63420.21771970.16963391X-RAY DIFFRACTION100
2.6342-2.73960.20231630.16913440X-RAY DIFFRACTION100
2.7396-2.86430.19181560.17053433X-RAY DIFFRACTION100
2.8643-3.01530.21061750.16823456X-RAY DIFFRACTION100
3.0153-3.20420.16251900.16763403X-RAY DIFFRACTION100
3.2042-3.45150.18151860.15563434X-RAY DIFFRACTION100
3.4515-3.79870.17171760.14193443X-RAY DIFFRACTION100
3.7987-4.34810.15151800.12443462X-RAY DIFFRACTION100
4.3481-5.47690.14781980.13143460X-RAY DIFFRACTION100
5.4769-48.02050.16291860.14513571X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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