PDB-6ipw: Crystal structure of CqsB2 from Streptomyces exfoliatus in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ipw

タイトル

Crystal structure of CqsB2 from Streptomyces exfoliatus in complex with the product, 1-(2-hydroxypropyl)-2-methyl-carbazole-3,4-dione

要素

CqsB2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Carbazole biosynthesis / polyketide aromatase/cyclase

機能・相同性

START-like domain superfamily / Chem-AO6 / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces exfoliatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tomita, T. / Kobayashi, M. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: An Unprecedented Cyclization Mechanism in the Biosynthesis of Carbazole Alkaloids in Streptomyces.
著者: Kobayashi, M. / Tomita, T. / Shin-Ya, K. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T.

履歴

登録	2018年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ipw.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ipw.ent.gz	162.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ipw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/6ipw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/6ipw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ipvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ipv-1 6ipv-2 6va8-d 3wcr-d 7cas-d 6i7i-d 4urf-d 3iej-d 6vaq-d 5zu3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CqsB2

B: CqsB2

C: CqsB2

D: CqsB2

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CqsB2

B: CqsB2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PISA showed us that the assembly is dimer or octamer.
55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CqsB2

D: CqsB2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.227, 128.227, 125.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	CqsB2 分子量: 27645.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces exfoliatus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RILCodonPlus / 参照: UniProt: A0A5A4PV77*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-AO6 / 2-methyl-1-[(2R)-2-oxidanylpropyl]-9H-carbazole-3,4-dione / (R)-(-)-デスプレニルカルキノスタチンA 分子量: 269.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The sequence has been deposited to DDBJ with accession code LC406090.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH8.5), 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→125.43 Å / Num. obs: 61403 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.543 / Num. unique obs: 3009 / CC_1/2: 0.948 / R_pim(I) all: 0.145

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IPV

6ipv

解像度: 2.1→125.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 4.613 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22389	2903	4.7 %	RANDOM
R_work	0.17794	-	-	-
obs	0.18009	58471	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.664 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→125.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7212	0	80	614	7906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.944	10184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.802	3.003	15572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.821	5	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.184	23.878	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.925	15	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.364	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.345	2.33	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.341	2.33	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.16	3.487	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.16	3.487	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.676	2.526	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.676	2.527	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.758	3.706	5776
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.109	20.362	9689
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.088	20.331	9650
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	237	-
R_work	0.198	4186	-
obs	-	-	99.59 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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