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万見
- PDB-6i3u: Optimization of potent and selective ATM inhibitors suitable for ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3u
タイトルOptimization of potent and selective ATM inhibitors suitable for a proof-of-concept study in Huntington's disease models
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
キーワードLYASE / ATM surrogate / VPS34 / Kinase / Huntington's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity ...Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phagophore assembly site / autolysosome / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Macroautophagy / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / axoneme / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome maturation / autophagosome assembly / PI3K Cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / autophagosome / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / macroautophagy / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / autophagy / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / peroxisome / late endosome / kinase activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / protein kinase activity / endosome / cell cycle / phosphorylation / cell division / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H2E / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Leonard, P.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Optimization of Potent and Selective Ataxia Telangiectasia-Mutated Inhibitors Suitable for a Proof-of-Concept Study in Huntington's Disease Models.
著者: Toledo-Sherman, L. / Breccia, P. / Cachope, R. / Bate, J.R. / Angulo-Herrera, I. / Wishart, G. / Matthews, K.L. / Martin, S.L. / Cox, H.C. / McAllister, G. / Penrose, S.D. / Vater, H. / ...著者: Toledo-Sherman, L. / Breccia, P. / Cachope, R. / Bate, J.R. / Angulo-Herrera, I. / Wishart, G. / Matthews, K.L. / Martin, S.L. / Cox, H.C. / McAllister, G. / Penrose, S.D. / Vater, H. / Esmieu, W. / Van de Poel, A. / Van de Bospoort, R. / Strijbosch, A. / Lamers, M. / Leonard, P. / Jarvis, R.E. / Blackaby, W. / Barnes, K. / Eznarriaga, M. / Dowler, S. / Smith, G.D. / Fischer, D.F. / Lazari, O. / Yates, D. / Rose, M. / Jang, S.W. / Munoz-Sanjuan, I. / Dominguez, C.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6422
ポリマ－70,1211
非ポリマー5211
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.170, 167.170, 61.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1175-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase ...PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34


分子量: 70121.102 Da / 分子数: 1 / 変異: F612A, L616N, I634L, M682L, F684W, Q686_S687insG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, VPS34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-H2E / 2-morpholin-4-yl-6-[7-[(2~{R})-1-morpholin-4-ylpropan-2-yl]oxy-9~{H}-thioxanthen-4-yl]pyran-4-one


分子量: 520.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32N2O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 % / 解説: Rod-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→83.58 Å / Num. obs: 51984 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2465 / CC1/2: 0.645 / Rpim(I) all: 0.521 / Rrim(I) all: 0.978 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LS8

3ls8


解像度: 2.09→83.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.067 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23556 2561 4.9 %RANDOM
Rwork0.18869 ---
obs0.19096 49365 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.09 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----3.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→83.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 37 179 4634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.6426169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3061.5689792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0315554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46422.996237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.00815796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1561526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0574.412225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0544.4092224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4336.612776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4336.6112777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0134.8242322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0124.8232323
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1847.0553394
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.59151.635101
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.59551.5295072
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 174 -
Rwork0.342 3470 -
obs--95.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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