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Yorodumi- PDB-6hs4: Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hs4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhibitor 118 | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Ebola Glycoprotein / Structure-based In Silico Screening / compound 118 / compound 118a / Natural compound | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Zaire ebolavirus Ebola virus - Mayinga Zaire (virus) 1976 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Ren, J. / Zhao, Y. / Stuart, D.I. | |||||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2019 Title: Structure-Based in Silico Screening Identifies a Potent Ebolavirus Inhibitor from a Traditional Chinese Medicine Library. Authors: Shaikh, F. / Zhao, Y. / Alvarez, L. / Iliopoulou, M. / Lohans, C. / Schofield, C.J. / Padilla-Parra, S. / Siu, S.W.I. / Fry, E.E. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hs4.cif.gz | 184.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hs4.ent.gz | 144.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hs4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6hs4_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6hs4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 6hs4_validation.xml.gz | 19.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6hs4_validation.cif.gz | 26.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hs4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6hroC 6f5uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 36387.824 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: T42A,T42A,T42A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76), (gene. exp.) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 Strain: Mayinga-76 / Gene: GP / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q05320 |
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#2: Protein | Mass: 18922.320 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H613A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zaire ebolavirus / Strain: Mayinga-76 / Gene: GP / Cell line (production host): HEK293T / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q05320 |
-Sugars , 2 types, 6 molecules
#3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 4 types, 171 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-DMS / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.2 Details: 9% (W/V) PEG 6000 AND 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 19, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→57.08 Å / Num. obs: 47703 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.435 / % possible all: 90.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6F5U Resolution: 2.05→57.08 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.7
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→57.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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