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- PDB-6hlx: Structure of the PBP AgaA in complex with agropinic acid from A.t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hlx
タイトルStructure of the PBP AgaA in complex with agropinic acid from A.tumefacien R10
要素AgaA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / agropinic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / AgaA
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Morera, S. / Marty, L. / Vigouroux, A.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for two efficient modes of agropinic acid opine import into the bacterial pathogenAgrobacterium tumefaciens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Pelissier, F. / Meyer, T. / Lavire, C. / Dessaux, Y. / Morera, S.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AgaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,38738
ポリマ－54,4591
非ポリマー2,92837
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.260, 89.260, 285.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AgaA / Peptide ABC transporter substrate-binding protein / Peptide/nickel transport system substrate-binding protein


分子量: 54459.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: agaA, A6U90_18825, At1D1609_52290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50260

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非ポリマー , 9種, 507分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-G9Z / agropinic acid


分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M AS, 0.1 M Mes pH 6.5, 0.2 M Zn acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→52.48 Å / Num. obs: 82437 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 26.82 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / Rsym value: 2.052

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F1Q and 1DPP

3f1q

1dpp


解像度: 1.65→52.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU R Cruickshank DPI: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.067
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 4109 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.157 82180 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4528 Å20 Å20 Å2
2--1.4528 Å20 Å2
3----2.9056 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→52.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3837 0 167 470 4474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014096HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975521HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1393SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes687HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4096HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion524SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5112SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.66 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3878 -4.93 %
Rwork0.3383 1563 -
all0.3407 1644 -
obs--77.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 80.1144 Å / Origin y: -31.7036 Å / Origin z: 1.2197 Å
111213212223313233
T-0.1073 Å20.0099 Å2-0.0119 Å2--0.1256 Å2-0.0415 Å2---0.1294 Å2
L0.6565 °20.0603 °2-0.1845 °2-0.5201 °20.167 °2--0.4228 °2
S-0.005 Å °-0.0338 Å °0.0187 Å °-0.0153 Å °0.0067 Å °-0.0188 Å °-0.0563 Å °0.0045 Å °-0.0018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|25 - A|169 A|175 - A|315 A|322 - A|512 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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