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万見
- PDB-6hkm: Crystal structure of Compound 1 with ERK5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hkm
タイトルCrystal structure of Compound 1 with ERK5
要素Mitogen-activated protein kinase 7
キーワードTRANSFERASE / ERK5 KINASE / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / enzyme inhibitor activity / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / enzyme inhibitor activity / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / RET signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of protein metabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / PML body / cellular response to growth factor stimulus / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / MAPK cascade / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cell differentiation / intracellular signal transduction / cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G92 / Mitogen-activated protein kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Nguyen, D. / Lemos, C. / Wortmann, L. / Eis, K. / Holton, S.J. / Boemer, U. / Lechner, C. / Prechtl, S. / Suelze, D. / Siegel, F. ...Nguyen, D. / Lemos, C. / Wortmann, L. / Eis, K. / Holton, S.J. / Boemer, U. / Lechner, C. / Prechtl, S. / Suelze, D. / Siegel, F. / Prinz, F. / Lesche, R. / Nicke, B. / Mumberg, D. / Bauser, M. / Haegebarth, A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Characterization of the Potent and Highly Selective (Piperidin-4-yl)pyrido[3,2- d]pyrimidine Based in Vitro Probe BAY-885 for the Kinase ERK5.
著者: Nguyen, D. / Lemos, C. / Wortmann, L. / Eis, K. / Holton, S.J. / Boemer, U. / Moosmayer, D. / Eberspaecher, U. / Weiske, J. / Lechner, C. / Prechtl, S. / Suelzle, D. / Siegel, F. / Prinz, F. ...著者: Nguyen, D. / Lemos, C. / Wortmann, L. / Eis, K. / Holton, S.J. / Boemer, U. / Moosmayer, D. / Eberspaecher, U. / Weiske, J. / Lechner, C. / Prechtl, S. / Suelzle, D. / Siegel, F. / Prinz, F. / Lesche, R. / Nicke, B. / Nowak-Reppel, K. / Himmel, H. / Mumberg, D. / von Nussbaum, F. / Nising, C.F. / Bauser, M. / Haegebarth, A.
履歴
登録2018年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_contact_author.email

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1872
ポリマ－39,7261
非ポリマー4611
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.477, 92.477, 108.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 7 / MAPK 7 / Big MAP kinase 1 / BMK-1 / Extracellular signal-regulated kinase 5 / ERK-5


分子量: 39725.750 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK7, BMK1, ERK5, PRKM7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13164, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-G92 / [4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)piperidin-1-yl]-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methanone


分子量: 461.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22F3N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 11% PEG 4000, 100mM MgCl2, 160mM sodium formate, 100mM MES pH 6.75, 10mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999999701977 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999701977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→70.37 Å / Num. obs: 17105 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.47→2.71 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.47→70.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 22.987 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.291
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1008 5.9 %RANDOM
Rwork0.2182 ---
obs0.2218 16094 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.57 Å2 / Biso mean: 34.414 Å2 / Biso min: 13.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å2-0 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→70.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2645 0 33 33 2711
Biso mean--57.83 53.05 -
残基数----327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.9743703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93435924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6465330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71722.683123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03615440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9341523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02646
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.534 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 86 -
Rwork0.321 1120 -
all-1206 -
obs--96.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6321-2.369-3.49651.91031.98252.9574-0.17160.6602-1.1036-0.1002-0.09210.55170.2592-0.32080.26370.2479-0.0736-0.16230.3312-0.05850.4152-5.306-36.208-12.097
23.05-0.0703-1.63593.33880.61346.3280.332-0.68690.22330.47960.0529-0.0922-0.00310.9186-0.3850.1799-0.098-0.0080.453-0.14820.062217.858-32.9631.212
38.33720.0376-0.6325.2581.86673.88050.25920.57180.1143-0.5912-0.15180.0177-0.3308-0.0989-0.10730.20610.0589-0.02020.2948-0.00650.0492-8.214-23.739-12.313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2A140 - 364
3X-RAY DIFFRACTION3A365 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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