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- PDB-6hh1: Structure of c-Kit with allosteric inhibitor 3G8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hh1
タイトルStructure of c-Kit with allosteric inhibitor 3G8
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードTRANSFERASE / c-Kit / kinase / allosteric / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Kit signaling pathway / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of dendritic cell cytokine production / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of pseudopodium assembly / immature B cell differentiation / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / erythropoietin-mediated signaling pathway / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / lamellipodium assembly / embryonic hemopoiesis / tongue development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of KIT signaling / megakaryocyte development / mast cell degranulation / pigmentation / stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / growth factor binding / cytokine binding / spermatid development / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / somatic stem cell population maintenance / T cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / response to cadmium ion / ovarian follicle development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SH2 domain binding / B cell differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / acrosomal vesicle / erythrocyte differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / epithelial cell proliferation / cell chemotaxis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / stem cell differentiation / placental growth factor receptor activity / Signaling by SCF-KIT / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / fibrillar center / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / cell migration
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G4E / PHOSPHATE ION / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wrasidlo, W.J. / Cheresh, D.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of c-Kit with allosteric inhibitor 3G8
著者: Wrasidlo, W.J. / Cheresh, D.A.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6683
ポリマ－34,2161
非ポリマー4522
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.614, 65.614, 159.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 34215.754 Da / 分子数: 1 / 変異: V752T, T753S,V752T, T753S,V752T, T753S,V752T, T753S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-G4E / ~{N}-(2,3-dimethylphenyl)-5-(4-pyridin-4-yloxyphenyl)-4~{H}-1,2,4-triazol-3-amine


分子量: 357.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 9.3 mg/mL protein in 250 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.4, 1 mM EDTA, 0.5 mM TCEP, 1.2 mM 3G8, 0.1% w/w V8 protease. 800 nL of protein was mixed with 800 nL of crystallization solution (0.1 M ...詳細: 9.3 mg/mL protein in 250 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.4, 1 mM EDTA, 0.5 mM TCEP, 1.2 mM 3G8, 0.1% w/w V8 protease. 800 nL of protein was mixed with 800 nL of crystallization solution (0.1 M Tris-HCl pH 9.1, 1.5 M diammonium hydrogen phosphate) and incubated over 0.4 mL crystallization solution in 24 well VDX plates. Crystals were cryo-protected with 20% v/v ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 21244 / % possible obs: 97.65 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.94 % / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 5.42
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 4.05 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3110 / Rrim(I) all: 0.8 / % possible all: 99.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.25→25.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 19.61 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2734 940 5.1 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.208 17585 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.4 Å2 / Biso mean: 62.078 Å2 / Biso min: 38.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-0.47 Å2-0 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---3.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→25.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 32 122 2554
Biso mean--57.99 63.19 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.6563411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3211.5855493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8685309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87121.597119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.93715440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0221515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02553
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 72 -
Rwork0.423 1244 -
all-1316 -
obs--93.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.5998 Å / Origin y: 38.4738 Å / Origin z: 14.7802 Å
111213212223313233
T0.0671 Å20.0742 Å2-0.0349 Å2-0.4004 Å20.0881 Å2--0.0889 Å2
L2.4784 °20.1719 °20.146 °2-3.6107 °2-1.6358 °2--3.2065 °2
S0.1145 Å °-0.0421 Å °-0.1341 Å °-0.208 Å °0.0633 Å °0.4457 Å °-0.0059 Å °-0.1656 Å °-0.1778 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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