PDB-6hbn: HIGH-SALT STRUCTURE OF PROTEIN KINASE CK2 CATALYTIC SUBUNIT (ISOF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hbn

タイトル

HIGH-SALT STRUCTURE OF PROTEIN KINASE CK2 CATALYTIC SUBUNIT (ISOFORM CK2ALPHA/CSKN2A1 GENE PRODUCT) IN COMPLEX WITH THE INDENOINDOLE-TYPE INHIBITOR THN27

要素

Casein kinase II subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2 / catalytic subunit CK2alpha / CSNK2A1

機能・相同性

機能・相同性情報

Phosphorylation and nuclear translocation of BMAL1 (ARNTL) and CLOCK / positive regulation of aggrephagy / regulation of chromosome separation / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Phosphorylation and nuclear translocation of the CRY:PER:kinase complex / Regulation of CDH1 posttranslational processing and trafficking to plasma membrane / Receptor Mediated Mitophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Niefind, K. / Hochscherf, J. / Dimper, V. / Witulski, B. / Lindenblatt, D. / Jose, J. / Le Borgne, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Diacritic Binding of an Indenoindole Inhibitor by CK2 alpha Paralogs Explored by a Reliable Path to Atomic Resolution CK2 alpha ' Structures.
著者: Lindenblatt, D. / Nickelsen, A. / Applegate, V.M. / Hochscherf, J. / Witulski, B. / Bouaziz, Z. / Marminon, C. / Bretner, M. / Le Borgne, M. / Jose, J. / Niefind, K.

履歴

登録	2018年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hbn.cif.gz	308.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hbn.ent.gz	251.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/6hbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/6hbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hmbC 6hmcC 6hmdC 6hmeC 6hmqC 5cquS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5omy-d 3juh-2 3rps-1 5cvg-d 3h30-2 6k77-d 7a49-1 5owh-d 6gmd-2 5m6r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Casein kinase II subunit alpha

B: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.550, 71.620, 128.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha 分子量: 40066.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FXB / 5-propan-2-yl-4-prop-2-enoxy-7,8-dihydro-6~{H}-indeno[1,2-b]indole-9,10-dione 分子量: 335.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁NO₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 90 MIKROLITER ENZYME STOCK SOLUTION (6 MG/ML IN 500 MM NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5) WAS MIXED WITH 10 MIKROLITER INHIBITOR STOCK SOLUTION (10 MM INHIBITOR IN DMSO). THIS MIXTURE WAS ...詳細: 90 MIKROLITER ENZYME STOCK SOLUTION (6 MG/ML IN 500 MM NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5) WAS MIXED WITH 10 MIKROLITER INHIBITOR STOCK SOLUTION (10 MM INHIBITOR IN DMSO). THIS MIXTURE WAS INCUBATED FOR 30 MIN AT ROOM TEMPERATURE. THE RESERVOIR SOLUTION OF THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENT WAS 4.4 M NACL, 0.1 M CITRIC ACID, PH 5.5. PRIOR TO EQUILIBRATION THE CRYSTALLIZATION DROP WAS COMPOSED OF 1 MIKROLITER RESERVOIR SOLUTION PLUS 1 MIKROLITER ENZYME/INHIBITOR MIXTURE.,VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293.15K

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.35 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 90 MIKROLITER ENZYME STOCK SOLUTION (6 MG/ML IN 500 MM NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5) WAS MIXED WITH 10 MIKROLITER INHIBITOR STOCK SOLUTION (10 MM INHIBITOR IN DMSO). THIS MIXTURE WAS ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→64.016 Å / Num. obs: 88883 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.73 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08839 / R_pim(I) all: 0.03889 / R_rim(I) all: 0.09679 / R_sym value: 0.08839 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.59→1.647 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 1.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 8769 / CC_1/2: 0.835 / R_pim(I) all: 0.6071 / R_rim(I) all: 1.493 / R_sym value: 1.361 / % possible all: 99.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5cqu

5cqu

解像度: 1.59→64.015 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	1778	2 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1876	88882	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→64.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5622	0	63	643	6328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5895
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	7990
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.701	3522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1031

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.6329	0.3191	135	0.288	6634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6329-1.681	0.2917	135	0.257	6590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.681-1.7353	0.253	136	0.2487	6663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7353-1.7973	0.2816	136	0.2341	6660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7973-1.8693	0.2516	134	0.2137	6584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8693-1.9543	0.2265	136	0.2004	6690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9543-2.0574	0.2325	136	0.187	6647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0574-2.1863	0.2297	137	0.1787	6688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1863-2.3551	0.2125	137	0.1767	6719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3551-2.5921	0.2162	136	0.1888	6690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5921-2.9672	0.2102	138	0.1934	6759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9672-3.7383	0.2015	138	0.1754	6728	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7383-64.0669	0.2021	144	0.1727	7052	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7264	-0.2726	-0.1112	0.7448	0.055	1.9639	0.0339	-0.0558	-0.1641	0.142	0.0488	-0.0195	0.3749	-0.2023	0.0049	0.2421	-0.0014	-0.0002	0.1451	0.011	0.1449	-15.3058	15.8006	-12.2732
2	0.4626	0.5692	0.2906	1.1553	-0.1091	1.2406	-0.0418	0.0699	0.2952	0.2054	-0.1107	-0.2825	0.1808	-0.1724	-0.0006	0.3636	-0.0578	-0.0351	0.3741	0.0094	0.3207	-26.6026	13.1754	-27.8463
3	1.3976	0.0592	0.1988	0.137	0.1904	0.6834	0.1074	0.0269	-0.4113	-0.1136	-0.0529	0.0037	0.6405	-0.2152	0.0148	0.3601	-0.0745	-0.0524	0.2252	-0.0129	0.29	-22.0514	13.1599	-18.1263
4	0.675	0.1421	-0.6755	1.7453	0.4732	1.3211	0.0117	0.2983	0.1636	-0.3531	0.0457	0.3083	-0.0713	-0.3402	0.0009	0.2281	0.0036	-0.0588	0.267	0.0264	0.2815	-15.3624	29.3286	-27.5149
5	0.9085	-0.2683	-0.8561	1.3166	0.3217	1.9296	-0.0467	-0.0107	0.039	-0.0702	0.1213	-0.2624	0.1471	0.3211	0.0048	0.1797	0.025	-0.0145	0.2235	-0.0369	0.2351	4.4049	21.0233	-26.7817
6	1.0233	-0.1868	-0.23	2.0274	0.157	1.7849	0.0156	0.038	0.1782	-0.148	0.097	-0.1774	-0.1809	0.0852	-0.0001	0.2196	-0.0442	0.036	0.2128	-0.0066	0.2757	-2.972	38.0018	-28.1452
7	0.3067	-0.3589	-0.0771	0.4353	-0.1128	1.5708	0.0317	0.2302	-0.0097	-0.0752	0.1243	0.1832	0.1203	-0.5948	0.0535	0.1883	-0.012	-0.0249	0.3224	0.0166	0.2053	-38.1285	38.5433	-19.8896
8	1.2048	0.5811	0.1609	0.4965	-0.3258	1.2187	-0.287	0.2116	0.4154	0.0799	0.2234	-0.1255	0.0647	-0.2975	-0.0003	0.386	-0.049	-0.016	0.3245	0.0268	0.3622	-40.9313	27.6864	-4.0003
9	0.4096	0.3017	-0.4653	1.4812	-0.289	0.5416	0.1022	-0.1899	-0.1014	0.1239	0.0362	0.0484	0.3403	-0.4294	0.0456	0.2528	-0.0777	-0.007	0.3599	0.0452	0.2709	-36.0725	33.2334	-8.7726
10	1.2956	-0.037	-0.2974	0.7482	0.7212	1.9249	0.0952	-0.0212	0.1318	0.0039	-0.0702	-0.039	-0.3125	-0.2608	0.0178	0.1922	0.0507	0.0164	0.176	0.0303	0.1812	-29.8217	52.8219	-5.761
11	1.8748	-0.19	-0.3714	0.8398	0.1995	1.9842	0.074	-0.0635	0.1409	0.1298	-0.0113	-0.1553	-0.2131	0.1915	-0.0002	0.2987	-0.0279	0.0031	0.2223	-0.012	0.2927	-15.2769	50.5715	-3.7694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 75 through 113 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 114 through 173 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 174 through 280 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 281 through 335 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 44 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 74 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 75 through 129 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 130 through 280 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 281 through 335 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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