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Yorodumi- PDB-6hai: AlbAM131A mutant in complex with albicidin , albicidin resistance... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hai | ||||||
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Title | AlbAM131A mutant in complex with albicidin , albicidin resistance protein | ||||||
Components | Albicidin resistance protein | ||||||
Keywords | albicidin binding protein / albicidin resistance protein | ||||||
Function / homology | TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Chem-FWW / Albicidin resistance protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Klebsiella oxytoca (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2018 Title: Adaptation of a Bacterial Multidrug Resistance System Revealed by the Structure and Function of AlbA. Authors: Sikandar, A. / Cirnski, K. / Testolin, G. / Volz, C. / Bronstrup, M. / Kalinina, O.V. / Muller, R. / Koehnke, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hai.cif.gz | 197.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hai.ent.gz | 160.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hai.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6hai_validation.pdf.gz | 768 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6hai_full_validation.pdf.gz | 778.8 KB | Display | |
Data in XML | 6hai_validation.xml.gz | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6hai_validation.cif.gz | 26.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6hai | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26421.801 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella oxytoca (bacteria) / Gene: albA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8KRS7 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.2-0.4 M Ammonium Sulfate, 0.8-1.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.87313 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 3, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87313 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→49.01 Å / Num. obs: 27360 / % possible obs: 99.45 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04705 / Net I/σ(I): 7.79 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.279 Å / Rmerge(I) obs: 0.3389 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.2→49.014 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.23 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→49.014 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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