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- PDB-4r5q: Crystal structure and nuclease activity of the CRISPR-associated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r5q
タイトルCrystal structure and nuclease activity of the CRISPR-associated Cas4 protein Pcal_0546 from Pyrobaculum calidifontis containing a [2Fe-2S] cluster
要素CRISPR-associated exonuclease, Cas4 family
キーワードHYDROLASE / MCSG / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / EXONUCLEASE / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


5' to 3' exodeoxyribonuclease (nucleoside 3'-phosphate-forming) / : / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / defense response to virus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated protein Cas4 / Dna2/Cas4, domain of unknown function DUF83 / Domain of unknown function DUF83 / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / CRISPR-associated exonuclease Cas4
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Nocek, B. / Skarina, T. / Lemak, S. / Brown, G. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and nuclease activity of the CRISPR-associated Cas4 protein Pcal_0546 from Pyrobaculum calidifontis containing a [2Fe-2S] cluster
著者: Nocek, B. / Skarina, T. / Lemak, S. / Brown, G. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.
履歴
登録2014年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年9月17日ID: 4ONB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated exonuclease, Cas4 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2313
ポリマ－25,0311
非ポリマー2002
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.836, 117.836, 89.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

詳細Solution and crystallographic studies indicate monomer as most likely oligomeric state. SEC experiment shows that this protein is a monomer in the solution.

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated exonuclease, Cas4 family


分子量: 25031.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
株: JCM 11548 / VA1 / 遺伝子: Pcal_0546 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21DE3 / 参照: UniProt: A3MTK6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 3.5M Sodium FORMATE, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→37.26 Å / Num. obs: 9378 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
直接法モデル構築
SHELXモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→37.26 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 3 / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 651 4.76 %
Rwork0.228 --
obs0.229 9155 99.1 %
all-9378 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 5 21 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6322368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.45659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.85570.3864830.36741576X-RAY DIFFRACTION47
2.8557-3.14290.35681200.30822012X-RAY DIFFRACTION61
3.1429-3.59740.29921380.24422893X-RAY DIFFRACTION88
3.5974-4.53110.20781560.19883298X-RAY DIFFRACTION99
4.5311-37.26670.20771540.19943237X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4564-0.95330.08632.47750.29372.23080.0784-0.13830.34260.21270.0803-0.0503-0.5243-0.2667-0.11360.64770.2040.27590.4840.04240.4974-1.7209-20.7067-4.6934
25.3842-2.8275-1.21445.22773.56677.10950.3248-0.21980.3871-0.0125-0.1496-0.4311-0.38520.6662-0.09990.3107-0.08840.15690.4561-0.15330.460420.9589-28.4109-10.0368
31.1931-0.0894-0.66240.3086-0.09671.02580.16690.21960.1237-0.0828-0.05930.0032-0.2771-0.37270.05880.28150.02470.27380.341-0.13410.360113.7338-29.8806-25.1499
44.1744-0.5866-1.70740.54930.70391.89010.0766-0.07030.07130.01390.033-0.0304-0.11680.0334-0.03070.29810.10740.17520.3314-0.02430.25774.6646-25.8007-8.5641
53.90190.3184-1.2231.7067-1.18724.00910.11260.6028-0.3327-0.2795-0.01820.00260.0264-0.73470.18390.31890.25380.09390.7734-0.03830.342-5.7286-30.2308-19.0081
63.9245-1.0238-2.02590.71680.76891.17650.29321.25490.0088-0.678-0.2121-0.0713-0.6563-0.8076-0.06620.58570.19120.17660.73720.01120.47764.8215-25.3087-28.7588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 157 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 158 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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