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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gxg | ||||||
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タイトル | Tryparedoxin from Trypanosoma brucei in complex with CFT | ||||||
要素 | (Tryparedoxin) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Covalent Inhibitor / Photoreduction / Inhibitor-Induced Dimerization / Monomer-Dimer Mixture | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bader, N. / Wagner, A. / Hellmich, U. / Schindelin, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2019 タイトル: Inhibitor-Induced Dimerization of an Essential Oxidoreductase from African Trypanosomes. 著者: Annika Wagner / Thien Anh Le / Martha Brennich / Philipp Klein / Nicole Bader / Erika Diehl / Daniel Paszek / A Katharina Weickhmann / Natalie Dirdjaja / R Luise Krauth-Siegel / Bernd Engels ...著者: Annika Wagner / Thien Anh Le / Martha Brennich / Philipp Klein / Nicole Bader / Erika Diehl / Daniel Paszek / A Katharina Weickhmann / Natalie Dirdjaja / R Luise Krauth-Siegel / Bernd Engels / Till Opatz / Hermann Schindelin / Ute A Hellmich / 要旨: Trypanosomal and leishmanial infections claim tens of thousands of lives each year. The metabolism of these unicellular eukaryotic parasites differs from the human host and their enzymes thus ...Trypanosomal and leishmanial infections claim tens of thousands of lives each year. The metabolism of these unicellular eukaryotic parasites differs from the human host and their enzymes thus constitute promising drug targets. Tryparedoxin (Tpx) from Trypanosoma brucei is the essential oxidoreductase in the parasite's hydroperoxide-clearance cascade. In vitro and in vivo functional assays show that a small, selective inhibitor efficiently inhibits Tpx. With X-ray crystallography, SAXS, analytical SEC, SEC-MALS, MD simulations, ITC, and NMR spectroscopy, we show how covalent binding of this monofunctional inhibitor leads to Tpx dimerization. Intra- and intermolecular inhibitor-inhibitor, protein-protein, and inhibitor-protein interactions stabilize the dimer. The behavior of this efficient antitrypanosomal molecule thus constitutes an exquisite example of chemically induced dimerization with a small, monovalent ligand that can be exploited for future drug design. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gxg.cif.gz | 112.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gxg.ent.gz | 86.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gxg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6gxg_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6gxg_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6gxg_validation.xml.gz | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6gxg_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gxg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15878.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O77404 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16090.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O77404 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.045 M Na-citrate; 100 mM Na-acetate buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07227 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 45750 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.441 / Num. unique obs: 2210 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.577 / Rrim(I) all: 1.554 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1o73 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.017 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.262 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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