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万見
- PDB-6fz4: Structure of GluK1 ligand-binding domain in complex with N-(7-flu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fz4
タイトルStructure of GluK1 ligand-binding domain in complex with N-(7-fluoro-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl)-2-hydroxybenzamide at 1.85 A resolution
要素Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Kainate receptor ligand-binding domain / GluK1-S1S2
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / inhibitory postsynaptic potential ...negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / inhibitory postsynaptic potential / glutamate binding / synaptic transmission, GABAergic / adult behavior / modulation of excitatory postsynaptic potential / behavioral response to pain / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / membrane depolarization / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / establishment of localization in cell / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / regulation of synaptic plasticity / nervous system development / presynaptic membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / receptor complex / postsynaptic density / neuronal cell body / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EC8 / Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kastrup, J.S. / Frydenvang, K. / Mollerud, S.
引用ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2019
タイトル: N1-Substituted Quinoxaline-2,3-diones as Kainate Receptor Antagonists: X-ray Crystallography, Structure-Affinity Relationships, and in Vitro Pharmacology.
著者: Pallesen, J. / Mollerud, S. / Frydenvang, K. / Pickering, D.S. / Bornholdt, J. / Nielsen, B. / Pasini, D. / Han, L. / Marconi, L. / Kastrup, J.S. / Johansen, T.N.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0849
ポリマ－29,1081
非ポリマー9758
水1,964109
1
A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
ヘテロ分子

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,16718
ポリマ－58,2172
非ポリマー1,95016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area6080 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.867, 88.867, 157.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor ionotropic, kainate 1 / GluK1 / Glutamate receptor 5 / GluR5


分子量: 29108.453 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 430-544,UNP residues 667-805,UNP residues 430-544,UNP residues 667-805
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE DATABASE SEQUENCE IS P22756-2, ISOFORM GLUR5-2. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING DOMAIN OF GLUK1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE REPLACED WITH A GLY-THR LINKER ...詳細: THE DATABASE SEQUENCE IS P22756-2, ISOFORM GLUR5-2. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING DOMAIN OF GLUK1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 117-118). THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINOUSLY WITH REFERENCE DATABASE (430-544, 667-805). THERE IS A SEQUENCE CONFLICT AT RESIDUE 34 (462) OF THE CRYSTALLIZED PROTEIN DUE TO DIFFERENCES IN DATABASE SEQUENCE (SEE GENBANK ACCESION NO.AAA02874). GLY1 IS A CLONING REMNANT.,THE DATABASE SEQUENCE IS P22756-2, ISOFORM GLUR5-2. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING DOMAIN OF GLUK1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 117-118). THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINOUSLY WITH REFERENCE DATABASE (430-544, 667-805). THERE IS A SEQUENCE CONFLICT AT RESIDUE 34 (462) OF THE CRYSTALLIZED PROTEIN DUE TO DIFFERENCES IN DATABASE SEQUENCE (SEE GENBANK ACCESION NO.AAA02874). GLY1 IS A CLONING REMNANT.
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik1, Glur5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami 2 / 参照: UniProt: P22756

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非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EC8 / N-(7-fluoro-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl)-2-hydroxybenzamide


分子量: 383.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H9F4N3O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG4000, 0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→69.117 Å / Num. obs: 20684 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 23.06 Å2 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.081 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.85-1.959.60.4411.629710.150.4660.441100
1.95-2.079.90.2632.628270.0880.2780.263100
2.07-2.2110.40.1773.926600.0580.1860.177100
2.21-2.3910.20.1365.124730.0450.1430.136100
2.39-2.629.60.1086.323060.0370.1140.108100
2.62-2.9310.50.097.320680.0290.0950.09100
2.93-3.3810.20.0768.318460.0250.080.076100
3.38-4.149.60.0639.715690.0210.0670.063100
4.14-5.8510.10.05311.312460.0180.0560.053100
5.85-37.3769.20.04911.67180.0170.0520.04999.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.12 Å37.38 Å
Translation3.12 Å37.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qf9

4qf9


解像度: 1.85→37.376 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 1058 5.12 %
Rwork0.1865 --
obs0.188 20681 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.77 Å2 / Biso mean: 33.0856 Å2 / Biso min: 10.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→37.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 63 110 2172
Biso mean--52.09 33.31 -
残基数----250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.133138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5431390
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8501-1.93430.2581240.225324222546
1.9343-2.03620.24451140.207424352549
2.0362-2.16380.2221430.193824222565
2.1638-2.33090.22831280.194724172545
2.3309-2.56540.25931510.203224302581
2.5654-2.93650.26131290.193424542583
2.9365-3.69910.21551420.169724662608
3.6991-37.38390.16911270.176325772704
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4438-1.2316-0.18322.81760.11292.2387-0.00840.2859-0.2475-0.0829-0.09920.28380.0887-0.13820.00590.11170.00040.01040.1783-0.05640.122318.779835.16463.4601
21.59260.32470.1711.89880.52671.68860.16440.3308-0.29960.0796-0.26140.25830.26680.00630.11070.2450.0598-0.00380.4056-0.2010.360516.388314.984563.46
32.842-0.1523-0.47822.86060.13981.8057-0.18020.1606-0.20790.21180.08180.32990.0917-0.40130.08350.1484-0.00770.02260.2853-0.04350.146312.906137.08172.8188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 151 )A4 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 200 )A152 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 253 )A201 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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