PDB-6fuj: Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fuj

タイトル

Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide

要素

Complement factor D

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / zymogen activation / platelet alpha granule lumen / serine-type peptidase activity / response to bacterium / protein maturation / Platelet degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Ostermann, N. / Vulpetti, A. / Maibaum, J. / Erbel, P. / Lorthiois, E. / Yoon, T. / Randl, S. / Ruedisser, S.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Discovery and Design of First Benzylamine-Based Ligands Binding to an Unlocked Conformation of the Complement Factor D.
著者: Vulpetti, A. / Ostermann, N. / Randl, S. / Yoon, T. / Mac Sweeney, A. / Cumin, F. / Lorthiois, E. / Rudisser, S. / Erbel, P. / Maibaum, J.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fuj.cif.gz	269.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fuj.ent.gz	219.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ftyC 6ftzC 6fugC 6fuhC 6fuiC 6futC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qmr-2 6fty-d 5naw-d 6qmr-6 6fui-d 1m79-2 5tcc-7 4cbn-1 5tca-4 6sju-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement factor D

B: Complement factor D

C: Complement factor D

D: Complement factor D

E: Complement factor D

F: Complement factor D

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Complement factor D

登録者が定義した集合体
24.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Complement factor D

登録者が定義した集合体
24.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Complement factor D

登録者が定義した集合体
24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.662, 210.535, 143.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 16 - 243 / Label seq-ID: 1 - 228

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D 分子量: 24739.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物	ChemComp-E8B / ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide 分子量: 282.380 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→83.05 Å / Num. obs: 83798 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.14 % / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.25→71.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 8.421 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24388	4190	5 %	RANDOM
R_work	0.21761	-	-	-
obs	0.21892	79605	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.821 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.25→71.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10234	0	63	257	10554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	10687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	1.972	14576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.028	3	23051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.124	5.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.55	22.494	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.597	15	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.816	15	111
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.941	4.386	5495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.935	4.385	5494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.255	6.566	6873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.255	6.567	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.654	4.902	5191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.653	4.902	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.281	7.12	7699
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.966	51.03	10947
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.971	51.056	10921
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13790	0.06
1	2	B	13790	0.06
2	1	A	13736	0.06
2	2	C	13736	0.06
3	1	A	13400	0.09
3	2	D	13400	0.09
4	1	A	13160	0.08
4	2	E	13160	0.08
5	1	A	13428	0.09
5	2	F	13428	0.09
6	1	B	13670	0.04
6	2	C	13670	0.04
7	1	B	13282	0.08
7	2	D	13282	0.08
8	1	B	13048	0.08
8	2	E	13048	0.08
9	1	B	13336	0.09
9	2	F	13336	0.09
10	1	C	13302	0.08
10	2	D	13302	0.08
11	1	C	13050	0.07
11	2	E	13050	0.07
12	1	C	13342	0.08
12	2	F	13342	0.08
13	1	D	13540	0.05
13	2	E	13540	0.05
14	1	D	13736	0.06
14	2	F	13736	0.06
15	1	E	13556	0.06
15	2	F	13556	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	307	-
R_work	0.354	5841	-
obs	-	-	99.98 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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