PDB-6ft7: Crystal structure of CLK3 in complex with compound 8a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ft7

タイトル

Crystal structure of CLK3 in complex with compound 8a

要素

Dual specificity protein kinase CLK3

キーワード

TRANSFERASE / kinase / inhibitor / splicing kinase / CLK / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / protein phosphorylation / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Walter, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kunick, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Molecular structures of cdc2-like kinases in complex with a new inhibitor chemotype.
著者: Walter, A. / Chaikuad, A. / Helmer, R. / Loaec, N. / Preu, L. / Ott, I. / Knapp, S. / Meijer, L. / Kunick, C.

履歴

登録	2018年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ft7.cif.gz	316.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ft7.ent.gz	258 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ft7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ft7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ft7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ft8C 6ft9C 2eu9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uv1-2 6z2v-d 6kw0-2 6uv2-d 6fyp-d 4g1b-2 4ogs-d 2yg5-d 2yg6-2 3oet-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual specificity protein kinase CLK3

B: Dual specificity protein kinase CLK3

ヘテロ分子

87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity protein kinase CLK3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity protein kinase CLK3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.760, 116.830, 69.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLU	GLU	A	A	129 - 237	5 - 113
2	1	SER	SER	GLU	GLU	B	B	129 - 237	5 - 113
1	2	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	238 - 480	114 - 356
2	2	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	238 - 480	114 - 356

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999991, 0.003927, 0.001666), (-0.003969, -0.999653, -0.026031), (0.001563, -0.026037, 0.99966)	88.80568, 148.12427, 1.89425
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(-0.999918, 0.008771, 0.00928), (-0.008914, -0.999839, -0.015566), (0.009142, -0.015647, 0.999836)	87.96809, 147.70662, 0.53903

#1: タンパク質	Dual specificity protein kinase CLK3 / CDC-like kinase 3 分子量: 42318.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P49761, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-E6Q / 3-phenyl-1~{H}-pyrrolo[3,4-g]indol-8-one 分子量: 246.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₀N₂O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 21% PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 0.1 M bis-tris-propane pH 7.0, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→59.95 Å / Num. obs: 62659 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.02→2.13 Å / R_merge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 9103 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EU9

2eu9

解像度: 2.02→58.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 9.305 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23523	3185	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1917	-	-	-
obs	0.19395	59444	96.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.86 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	1.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.02→58.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5800	0	100	485	6385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.609	1.94	8301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.96	3	10335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.978	5	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.655	23.491	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.748	15	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.739	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	47.092	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	83.639	5	7

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1441	medium positional	0.33	0.5
2	2	B	3387	medium positional	0.28	0.5
1	1	A	1441	medium thermal	2.14	2
2	2	B	3387	medium thermal	2.43	2

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	206	-
R_work	0.303	4311	-
obs	-	-	95.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3409	0.2849	0.559	1.6057	-0.5838	1.0072	-0.1489	0.2486	0.4328	0.2259	0.0087	-0.1737	-0.0268	0.0371	0.1402	0.0843	0.0086	-0.0587	0.1	0.0429	0.2931	58.355	74.1815	55.9968
2	1.1253	-0.1998	-0.2919	0.4584	0.3593	0.444	-0.0325	0.2265	-0.1719	0.1418	-0.0711	0.0043	0.0299	-0.0803	0.1035	0.1143	-0.012	-0.0031	0.1716	-0.0217	0.1294	57.6821	47.3488	48.8938
3	9.6622	-11.1431	11.2923	24.7994	4.9568	40.4378	-0.9498	-1.8766	1.1566	0.9101	0.269	-1.3358	-0.4365	-3.9971	0.6808	0.7371	-0.6095	0.4125	1.4658	-0.4545	0.6172	57.0681	44.1621	70.7614
4	1.5852	-1.1184	-2.867	2.1779	1.4965	5.4149	-0.3691	0.4596	-0.3416	0.4102	-0.2286	0.5832	0.6164	-0.9439	0.5977	0.1305	-0.1711	0.1409	0.3684	-0.2697	0.7568	25.0141	62.737	49.807
5	1.4559	-0.1111	-0.3792	0.7575	-0.2631	0.3119	-0.0355	0.1447	-0.1686	0.0933	-0.068	0.0509	-0.027	-0.0534	0.1035	0.088	-0.0031	-0.0078	0.1696	-0.0184	0.1368	31.0408	87.543	55.4815
6	1.639	-0.4862	0.888	0.217	-0.3754	1.7112	-0.0179	0.3084	0.4551	0.0764	-0.0884	-0.0728	-0.0722	0.045	0.1063	0.1034	-0.0236	0.0074	0.1445	0.1112	0.2418	32.7425	107.6754	44.9064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	129 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	216 - 472
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	473 - 484
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	129 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	148 - 368
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	369 - 484

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)