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万見
- PDB-6fit: FHIT-TRANSITION STATE ANALOG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fit
タイトルFHIT-TRANSITION STATE ANALOG
要素FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN
キーワードHYDROLASE / FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN / FHIT / PUTATIVE TUMOR SUPPRESSOR / HIT PROTEIN FAMILY / HISTIDINE TRIAD PROTEIN FAMILY / NUCLEOTIDYL HYDROLASE / NUCLEOTIDYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase / adenylylsulfatase / diadenosine triphosphate catabolic process / adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase activity / adenylylsulfatase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / purine nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity ...adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase / adenylylsulfatase / diadenosine triphosphate catabolic process / adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase activity / adenylylsulfatase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / purine nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / fibrillar center / nucleotide binding / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FHIT family / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily ...: / FHIT family / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOTUNGSTATE / Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lima, C.D. / Klein, M.G. / Hendrickson, W.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Structure-based analysis of catalysis and substrate definition in the HIT protein family.
著者: Lima, C.D. / Klein, M.G. / Hendrickson, W.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: MAD Analysis of Fhit, a Putative Human Tumor Suppressor from the Hit Protein Family
著者: Lima, C.D. / D'Amico, K.L. / Naday, I. / Rosenbaum, G. / Westbrook, E.M. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1997年9月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3862
ポリマ－16,8861
非ポリマー5001
水1,06359
1
A: FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN
ヘテロ分子

A: FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7734
ポリマ－33,7722
非ポリマー1,0002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)50.700, 50.700, 267.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN / FHIT


分子量: 16886.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: EXPRESSED AS FUSION PROTEIN WITH GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE IN ESCHERICHIA COLI
遺伝子: FHIT / プラスミド: PGEX-2T / 遺伝子 (発現宿主): FHIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-ALPHA / 参照: UniProt: P49789, bis(5'-adenosyl)-triphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AMW / ADENOSINE MONOTUNGSTATE


分子量: 500.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7W
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: GROWN FROM AMMONIUM SULFATE, PH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Lima, C.D., (1997) Structure (London), 5, 763.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
21.25-1.35 MAmSO411
3100 mMsodium cacodylate11

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.074
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 17675 / % possible obs: 79.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射
*PLUS
Num. measured all: 167167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.6→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 -5 %
Rwork0.228 --
obs0.228 10338 90.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数989 23 0 59 1071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.241
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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