[日本語] English
万見
- PDB-2ph7: Crystal structure of AF2093 from Archaeoglobus fulgidus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ph7
タイトルCrystal structure of AF2093 from Archaeoglobus fulgidus
要素Uncharacterized protein AF_2093
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / AF2093 / Archaeoglobus fulgidus / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


af_2093 domain like fold / af_2093 domain like / af2093 domain / Af2093, N-terminal / : / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6834), C-terminal domain / Domain of unknown function (DUF6846) ...af_2093 domain like fold / af_2093 domain like / af2093 domain / Af2093, N-terminal / : / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6834), C-terminal domain / Domain of unknown function (DUF6846) / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein AF_2093
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, J.C. / Yang, H. / Hwang, J. / Zhu, J. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Xu, H. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of AF2093 from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Chang, J.C. / Yang, H. / Hwang, J. / Zhu, J. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Xu, H. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999 SEQUENCE THE TARGET SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT PEPCDB WITH ACCESSION CODE GL2-223-001.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein AF_2093
B: Uncharacterized protein AF_2093


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9452
ポリマ－57,9452
非ポリマー00
水1,29772
1
A: Uncharacterized protein AF_2093


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9721
ポリマ－28,9721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein AF_2093


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9721
ポリマ－28,9721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.536, 206.536, 206.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein AF_2093


分子量: 28972.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: VC-16, DSM 4304, JCM 9628, NBRC 100126 / 遺伝子: AF_2093 / プラスミド: pDest-527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: O28187
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 4.9
詳細: USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/mL) AND SOLUTION CONTAINING 20% PEG 4000, 0.05M SODIUM CHLORIDE, 0.05M LITHIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE ...詳細: USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/mL) AND SOLUTION CONTAINING 20% PEG 4000, 0.05M SODIUM CHLORIDE, 0.05M LITHIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE pH 4.9, Modified Microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.4 Å / Num. obs: 28734 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 39.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique all: 2858 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SGXPRO位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.002 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27143 1423 5 %RANDOM
Rwork0.23022 ---
obs0.23225 27283 99.9 %-
all-27283 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.574 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3583 0 0 72 3655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9654921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.2315435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.58224180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.64415672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5471521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2340.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22499
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1721.52243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37223523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8431588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8814.51398
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 96 -
Rwork0.335 1984 -
obs--99.66 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る