[日本語] English
万見
- PDB-6fea: A. vinelandii vanadium nitrogenase, turnover state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fea
タイトルA. vinelandii vanadium nitrogenase, turnover state
要素
  • Nitrogenase protein alpha chain
  • Vanadium nitrogenase beta subunit, vnfK
  • Vanadium nitrogenase, delta subunit, VnfG
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / nitrogen fixation / iron-sulfur-enzymes / vanadium / nitrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


vanadium-iron nitrogenase complex / vanadium ion binding / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase vanadium-iron protein, alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron, delta subunit / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase vanadium-iron protein, alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron, delta subunit / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / : / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER / CARBONATE ION / FeV / HYDROSULFURIC ACID / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Vanadium nitrogenase beta subunit, vnfK / nitrogenase / Nitrogenase protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sippel, D. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationRTG 1976 ドイツ
German Research FoundationPP 1927 ドイツ
European Research Council310656 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: A bound reaction intermediate sheds light on the mechanism of nitrogenase.
著者: Sippel, D. / Rohde, M. / Netzer, J. / Trncik, C. / Gies, J. / Grunau, K. / Djurdjevic, I. / Decamps, L. / Andrade, S.L.A. / Einsle, O.
履歴
登録2017年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase protein alpha chain
B: Vanadium nitrogenase beta subunit, vnfK
C: Vanadium nitrogenase, delta subunit, VnfG
D: Nitrogenase protein alpha chain
E: Vanadium nitrogenase beta subunit, vnfK
F: Vanadium nitrogenase, delta subunit, VnfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,91422
ポリマ－240,3586
非ポリマー3,55616
水47,7762652
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32770 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area62200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.610, 79.750, 107.160
Angle α, β, γ (deg.)84.05, 72.44, 75.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Nitrogenase protein alpha chain


分子量: 53951.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DI25, nitrogenase
#2: タンパク質 Vanadium nitrogenase beta subunit, vnfK


分子量: 52839.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DI23, nitrogenase
#3: タンパク質 Vanadium nitrogenase, delta subunit, VnfG


分子量: 13387.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DI24, nitrogenase

-
非ポリマー , 8種, 2668分子

#4: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#5: 化合物 ChemComp-D6N / FeV


分子量: 692.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7NS7V
#6: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#7: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#10: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-13 % PEG 8000 15-20 % ethylene glycol 0.03 M MgCl2 0.1 mM ZnCl2 5 mM Na2S2O4 0.1 M HEPES/NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月20日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→102.12 Å / Num. obs: 683222 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Num. unique obs: 50455 / CC1/2: 0.338 / Rpim(I) all: 0.686 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N6Y

5n6y


解像度: 1.2→102.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 1.432 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14458 35693 5 %RANDOM
Rwork0.11689 ---
obs0.11827 683222 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20.25 Å2
2--0.29 Å2-0.15 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.2→102.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16520 0 108 2652 19280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.01917277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3391.97123500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.555336767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25752115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50324.152831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.555152977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.72315109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4790.22543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02119266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3631.2418412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3631.2418411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.221.86810543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2191.86810544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9571.5738865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9581.5738859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7222.22912851
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.82417.3320930
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.51416.12320076
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.51333106
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.92141645
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.954433677
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 2499 -
Rwork0.3 50455 -
obs--99.1 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る