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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f6s | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF EBOLAVIRUS GLYCOPROTEIN IN COMPLEX WITH benztropine | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / EBOLA VIRUS / FILOVIRIDAE / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / IBUPROFEN / benztropine / bepridil / paroxetine / sertraline / TOREMIFENE | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Target Identification and Mode of Action of Four Chemically Divergent Drugs against Ebolavirus Infection. 著者: Ren, J. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. #1: ![]() タイトル: Toremifene interacts with and destabilizes the Ebola virus glycoprotein. 著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Harlos, K. / Jones, D.M. / Zeltina, A. / Bowden, T.A. / Padilla-Parra, S. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36217.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation T42A,mutation T42A,mutation T42A 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation, H613A / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GP, DF49_53415gpGP, DF49_53416gpGP, DF49_53417gpGP, DF49_53418gpGP, DF49_53419gpGP, DF49_53420gpGP, DF49_53421gpGP, DF49_53422gpGP, DF49_53423gpGP, DF49_53424gpGP, DF49_53425gpGP, DF49_53426gpGP 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: ![]() |
-糖 , 1種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 90分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CXQ.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CXQ.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-DMS / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 9% (W/V) PEG 6000 AND 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→60.515 Å / Num. obs: 35081 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1727 / CC1/2: 0.795 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5jq3 解像度: 2.29→60.515 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.28
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→60.515 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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