PDB-6eno: Double cubane cluster oxidoreductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eno

タイトル

Double cubane cluster oxidoreductase

要素

Dehydratase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / double cubane cluster / iron-sulfur protein / acetylene reduction

機能・相同性

: / FldB/FldC dehydratase alpha/beta subunit / 2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase, D-component / hydro-lyase activity / iron-sulfur cluster binding / Double cubane cluster / CITRIC ACID / Dehydratase family protein

機能・相同性情報

生物種

Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.635 Å

データ登録者

Jeoung, J.H. / Dobbek, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: ATP-dependent substrate reduction at an [Fe8S9] double-cubane cluster.
著者: Jeoung, J.H. / Dobbek, H.

履歴

登録	2017年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / reflns_shell
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eno.cif.gz	270.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eno.ent.gz	221.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6eno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6eno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j6b-3 5z73-d 3a1k-2 3a2p-2 4cza-d 3a2q-2 3upl-d 4cym-3 6b98-d 2wbi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dehydratase family protein

ヘテロ分子

48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehydratase family protein

ヘテロ分子

A: Dehydratase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
97.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.591, 80.591, 217.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-502- CIT
2	1	A-627- HOH
3	1	A-1034- HOH
4	1	A-1036- HOH

#1: タンパク質	Dehydratase family protein / double cubane cluster enzyme 分子量: 47762.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-TERMINAL Gly-Ala residues are from cloning artifact. 由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (strain ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901) (バクテリア) 遺伝子: CHY_0487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3AET9
#2: 化合物	ChemComp-BJ8 / Double cubane cluster 分子量: 735.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈S₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.22 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Na-citrate, Na-dithinite

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→42.9 Å / Num. obs: 51968 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 13.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2621: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.635→34.456 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	2598	5 %
R_work	0.1717	-	-
obs	0.1738	51960	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.635→34.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3356	0	42	443	3841

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3542
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.202	4887
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.818	2193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6347-1.6644	0.3016	116	0.2858	2193	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6644-1.6964	0.2988	134	0.2648	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6964-1.731	0.3102	136	0.263	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.7687	0.3129	136	0.2551	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7687-1.8098	0.2835	136	0.2521	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8098-1.8551	0.309	136	0.2377	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8551-1.9052	0.298	136	0.2214	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9052-1.9613	0.2272	137	0.2038	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9613-2.0246	0.2544	136	0.2103	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0246-2.0969	0.2257	136	0.1977	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0969-2.1809	0.2384	138	0.1967	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1809-2.2801	0.214	137	0.1794	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2801-2.4003	0.2151	138	0.1644	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4003-2.5506	0.2186	137	0.1653	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5506-2.7475	0.2203	139	0.1696	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7475-3.0238	0.2158	138	0.1647	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0238-3.461	0.1927	141	0.1468	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
3.461-4.3592	0.168	142	0.1268	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3592-34.4636	0.1716	149	0.1458	2843	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5678	0.3979	-0.4668	0.8992	-0.4475	0.9039	-0.0957	0.0048	-0.067	0.0463	0.1043	0.0578	0.2336	-0.1537	-0.0017	0.183	-0.0248	0.0243	0.2181	0.0592	0.1998	-21.4396	-21.1223	2.9542
2	0.8655	0.1025	1.3576	0.9004	-0.1887	2.2665	-0.1087	0.0634	-0.0407	0.0323	0.0122	-0.1245	-0.1839	0.3882	0.1143	0.1227	-0.0331	-0.0166	0.1936	0.0424	0.2302	-3.8186	-7.211	-6.3048
3	1.5999	2.3856	0.4774	5.2662	1.6525	2.8176	-0.2643	0.0833	-0.3953	0.1722	0.2179	-0.8266	0.5658	0.4935	-0.065	0.2646	0.0963	0.0873	0.259	0.0831	0.4149	-1.4485	-28.5981	-2.055
4	0.36	-0.0886	-0.3086	1.698	0.7145	0.5098	-0.2493	-0.0223	-0.318	-0.0869	0.1234	-0.2122	0.7159	0.099	0.0556	0.5472	-0.0174	0.1449	0.1802	0.0543	0.3459	-14.299	-39.7041	-4.7278
5	5.9277	2.6805	1.3359	3.097	0.3761	3.0585	-0.2855	0.397	-0.3041	-0.1164	0.2364	-0.5377	0.4131	0.449	0.0522	0.1985	0.0496	0.0674	0.1947	0.0178	0.2545	-2.1385	-20.8841	-8.7193
6	1.1528	0.3667	0.0648	1.8152	0.1441	0.6621	-0.2404	0.1722	-0.1804	-0.2108	0.1847	0.123	0.5471	-0.1921	0.0498	0.3883	-0.1215	0.0159	0.2118	0.0232	0.2025	-16.0579	-29.203	-21.6409
7	0.5993	0.4893	-0.3594	1.4262	-0.2722	0.216	-0.3687	0.2892	-0.2302	-0.3659	0.1567	0.4905	0.4553	-0.2055	0.0554	0.6092	-0.3013	0.0004	0.4266	0.0223	0.3967	-28.3379	-38.1764	-17.7509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 169 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 170 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 222 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 306 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 307 through 337 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 338 through 389 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 390 through 420 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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