PDB-6eij: DYRK1A in complex with HG-8-60-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eij

タイトル

DYRK1A in complex with HG-8-60-1

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

キーワード

TRANSFERASE / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Rothweiler, U.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Novel Scaffolds for Dual Specificity Tyrosine-Phosphorylation-Regulated Kinase (DYRK1A) Inhibitors.
著者: Czarna, A. / Wang, J. / Zelencova, D. / Liu, Y. / Deng, X. / Choi, H.G. / Zhang, T. / Zhou, W. / Chang, J.W. / Kildalsen, H. / Seternes, O.M. / Gray, N.S. / Engh, R.A. / Rothweiler, U.

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eij.cif.gz	547 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eij.ent.gz	453.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eij_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eij_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6eij_validation.xml.gz	51.9 KB	表示
CIF形式データ	6eij_validation.cif.gz	70.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eifC 6eilC 6eipC 6eiqC 6eirC 6eisC 6eivC 6ej4C 4nctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a4q-1 5a54-1 6yf8-1 6ej4-1 3anq-2 3anr-4 6t6a-1 4nct-1 5a4e-1 6eiq-1 6eiv-1 5a4t-1 3anq-1 6eip-1 5a4l-2 3anr-2 3anr-1 6eip-3 5a54-2 6yf8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.240, 88.040, 228.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog 分子量: 42653.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A,DYRK,MNB,MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-B5Z / ~{N}-[5-[3-(2-morpholin-4-ylethylcarbamoylamino)phenyl]-[1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-2-yl]cyclopropanecarboxamide 分子量: 466.556 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆N₆O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M KSCN; 0.05M KCl; 10% PEG 3350, pH 6.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.984003 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.823
1	1	K, H, -L	2	0.177

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 66317 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 14.24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.45-2.6	2.47	65371	10626	10167	0.837	0.688	95.7
2.6-2.78	4	68198	10029	10023	0.928	0.448	99.9
2.78-3	5.8	60102	9357	9352	0.962	0.304	99.9
3-3.29	9.98	57315	8634	8628	0.984	0.182	99.9
3.29-3.67	16.88	51848	7855	7848	0.993	0.112	99.9
3.67-4.24	24.5	41928	6953	6941	0.995	0.076	99.8
4.24-5.18	31.58	36455	5947	5939	0.997	0.061	99.9
5.18-7.28	30.91	27373	4673	4665	0.997	0.058	99.8
7.28-50	38.02	15881	2776	2754	0.998	0.044	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4nct

4nct

解像度: 2.42→48.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 16.622 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24192	3302	5 %	RANDOM
R_work	0.21341	-	-	-
obs	0.21485	63007	95.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.255 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	16.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-22.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.42→48.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11006	0	132	351	11489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	11416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	10863
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.237	1.982	15440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.977	3.005	24957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.71	5	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.994	24.011	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.877	15	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.714	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	12771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.835	3.899	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.835	3.899	5426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.471	5.842	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.471	5.842	6769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.677	3.957	5989
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.677	3.958	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.19	5.914	8661
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.294	44.931	12854
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.205	44.813	12795
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.424→2.487 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	98	-
R_work	0.291	1984	-
obs	-	-	41.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1836	0.2652	-0.1204	0.4231	-0.1223	0.4151	-0.0157	-0.007	-0.0382	-0.0135	0.0144	-0.0208	-0.0139	0.0017	0.0014	0.1124	0.0114	-0.0147	0.0287	0.0014	0.159	-5.5281	-21.916	49.1333
2	0.1342	0.0633	-0.2787	0.2656	-0.0469	0.866	0.0319	-0.0311	-0.0177	-0.1056	0.0413	0.0037	-0.1071	0.1042	-0.0732	0.2145	-0.0406	0.037	0.0426	-0.0272	0.0967	-1.0981	-19.385	8.3252
3	0.144	0.0051	0.0222	0.5471	-0.0835	0.6314	-0.1228	-0.0179	-0.0313	-0.1975	0.156	-0.0414	-0.1102	0.0717	-0.0332	0.256	-0.0641	0.0112	0.0707	-0.0348	0.1134	-12.5626	17.6468	19.3245
4	0.1705	0.0112	-0.0682	0.2009	-0.2474	1.2075	-0.0435	-0.0432	-0.0357	-0.0475	0.1083	0.0614	-0.0724	-0.1169	-0.0647	0.125	0.0082	-0.0518	0.0817	0.0148	0.1159	-40.205	-5.6971	37.9775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	134 - 480
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	133 - 480
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	135 - 479
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	134 - 479

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関連情報:EMDBヘッダ

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