PDB-6dw3: SAMHD1 Bound to Cytarabine-TP in the Catalytic Pocket

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dw3

タイトル

SAMHD1 Bound to Cytarabine-TP in the Catalytic Pocket

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / Complex / deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase / dNTPase / nucleotide analogue / cytarabine-TP / HYDROLASE / hydrolase inhibitor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Knecht, K.M. / Buzovetsky, O. / Schneider, C. / Thomas, D. / Srikanth, V. / Kaderali, L. / Tofoleanu, F. / Reiss, K. / Ferreiros, N. / Geisslinger, G. ...

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: The structural basis for cancer drug interactions with the catalytic and allosteric sites of SAMHD1.
著者: Knecht, K.M. / Buzovetsky, O. / Schneider, C. / Thomas, D. / Srikanth, V. / Kaderali, L. / Tofoleanu, F. / Reiss, K. / Ferreiros, N. / Geisslinger, G. / Batista, V.S. / Ji, X. / Cinatl Jr., J. ...

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dw3.cif.gz	823.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dw3.ent.gz	680.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dw3_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dw3_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	6dw3_validation.xml.gz	72.1 KB	表示
CIF形式データ	6dw3_validation.cif.gz	97.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dw4C 6dw5C 6dw7C 6dwdC 6dwjC 6dwkC 4bzbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qg0-d 6dw7-d 4to0-d 4to4-d 4mz7-1 4bzb-d 4to6-d 4tny-d 4qg2-d 6txe-4 4qfx-d 6xu1-1 4rxr-1 4to5-d 4qg1-d 4to1-d 4to3-d 6dwj-d 4rxp-1 6txa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

260 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.340, 147.325, 98.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	C
1	2	D
2	2	B
1	3	D
2	3	A
1	4	C
2	4	B
1	5	C
2	5	A
1	6	B
2	6	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TRP	TRP	D	A	114 - 598	38 - 522
2	1	TRP	TRP	C	B	114 - 598	38 - 522
1	2	ASN	ASN	D	A	114 - 599	38 - 523
2	2	ASN	ASN	B	C	114 - 599	38 - 523
1	3	ASN	ASN	D	A	114 - 599	38 - 523
2	3	ASN	ASN	A	D	114 - 599	38 - 523
1	4	ASN	ASN	C	B	114 - 599	38 - 523
2	4	ASN	ASN	B	C	114 - 599	38 - 523
1	5	ASN	ASN	C	B	114 - 599	38 - 523
2	5	ASN	ASN	A	D	114 - 599	38 - 523
1	6	ASN	ASN	B	C	114 - 599	38 - 523
2	6	ASN	ASN	A	D	114 - 599	38 - 523

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 DCBA

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 分子量: 63426.375 Da / 分子数: 4 / 変異: H206R, D207N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...

分子量: 63426.375 Da / 分子数: 4 / 変異: H206R, D207N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 315分子

#2: 化合物	ChemComp-HF4 / 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one / Cytarabine-TRIPHOSPHATE / シトシンアラビノシド三りん酸分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 100 MM BIS-TRIS PH 6.7 AND 25% (W/V) PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 110334 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC_1/2: 0.252 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZB

4bzb

解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 21.287 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	5562	5 %	RANDOM
R_work	0.1901	-	-	-
obs	0.19205	104740	96.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	-2.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15690	0	372	295	16357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	16490
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	15140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.03	1.985	22353
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.118	3	35196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.155	5	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.387	23.968	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.41	15	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.586	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	17925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.538	2.267	7698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.536	2.267	7697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.531	3.392	9619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.531	3.392	9620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.115	2.501	8792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.116	2.503	8780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.495	3.646	12715
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.03	42.312	67607
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.019	42.316	67448
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	D	30720	0.12
1	2	C	30720	0.12
2	1	D	30830	0.11
2	2	B	30830	0.11
3	1	D	30778	0.11
3	2	A	30778	0.11
4	1	C	30612	0.12
4	2	B	30612	0.12
5	1	C	30526	0.12
5	2	A	30526	0.12
6	1	B	30686	0.12
6	2	A	30686	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.203→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	328	-
R_work	0.377	6197	-
obs	-	-	77.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8383	0.1653	0.0131	1.1938	0.2036	1.0014	0.0297	-0.1282	-0.0532	0.1811	0.0113	-0.1788	0.0342	0.1634	-0.0409	0.0275	0.001	-0.0274	0.1138	0.0044	0.0281	59.1004	-0.4238	139.7761
2	0.9981	-0.0484	0.0186	1.0421	-0.1401	1.2676	-0.0067	0.2366	-0.1649	-0.174	0.0242	0.1378	0.2266	-0.2589	-0.0176	0.0739	-0.0739	-0.0263	0.2566	-0.056	0.0586	30.3275	-12.1966	99.8573
3	0.961	0.1726	0.2264	1.0533	0.1609	1.4354	-0.0047	0.2671	-0.0191	-0.1547	0.0313	-0.2575	-0.0414	0.2852	-0.0265	0.0303	-0.036	0.0394	0.2755	-0.0059	0.0638	63.3547	2.5915	100.8076
4	0.8387	-0.0362	0.2995	1.0289	-0.092	1.5575	-0.0116	-0.0789	0.095	0.0779	0.0072	0.2989	-0.0841	-0.4497	0.0044	0.0133	0.0422	0.0183	0.2347	-0.0253	0.1037	24.7115	8.0337	133.0526
5	0.4158	-0.0061	0.0934	0.187	0.0769	0.6	0.0062	0.011	0.016	0.0162	-0.0008	-0.0198	-0.0113	-0.0194	-0.0054	0.0332	-0.0045	-0.0005	0.1472	0.0055	0.0272	47.5405	2.0253	122.8126
6	0.066	0.2988	-0.091	2.3827	0.1148	0.4051	0.041	-0.0032	-0.0873	-0.3212	-0.3488	-0.0803	-0.1256	-0.2551	0.3078	0.3429	-0.1965	-0.1275	0.6826	0.0059	0.2462	44.4465	-0.9393	118.253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	113 - 599
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	701 - 702
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	701
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	701
5	X-RAY DIFFRACTION	2	C	114 - 599
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	703 - 704
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	702
8	X-RAY DIFFRACTION	2	C	701
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	114 - 599
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	703
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	702 - 703
12	X-RAY DIFFRACTION	3	D	702
13	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 599
14	X-RAY DIFFRACTION	4	A	705
15	X-RAY DIFFRACTION	4	C	704
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	703 - 704
17	X-RAY DIFFRACTION	5	A	801 - 879
18	X-RAY DIFFRACTION	5	B	801 - 870
19	X-RAY DIFFRACTION	5	C	801 - 853
20	X-RAY DIFFRACTION	5	D	801 - 893
21	X-RAY DIFFRACTION	6	A	706
22	X-RAY DIFFRACTION	6	B	704
23	X-RAY DIFFRACTION	6	C	705
24	X-RAY DIFFRACTION	6	D	705

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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