ChemComp-HF4: 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: HF4
• 名称: 名称: 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one; 別称: Cytarabine-TRIPHOSPHATE / 日化辞名称: シトシンアラビノシド三りん酸

Chemical information

組成

組成式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / 原子数: 45 / 化学式量: 483.156 / 形式電荷: 0

その他

6dw3

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: HF4 / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 6DW3

履歴

作成	2018年6月27日
Modify synonyms	2018年6月27日
公開	2018年10月10日
Modify synonyms	2021年3月1日

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詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: C=1N(C(=O)N=C(N)C=1)C2C(C(C(COP(OP(OP(=O)(O)O)(O)=O)(O)=O)O2)O)O
• CACTVS 3.385: NC1=NC(=O)N(C=C1)[CH]2O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]2O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: C1=CN(C(=O)N=C1N)C2C(C(C(O2)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: NC1=NC(=O)N(C=C1)[C@@H]2O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@@H]2O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: C1=CN(C(=O)N=C1N)[C@H]2[C@H]([C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C9H16N3O14P3/c10-5-1-2-12(9(15)11-5)8-7(14)6(13)4(24-8)3-23-28(19,20)26-29(21,22)25-27(16,17)18/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,19,20)(H,21,22)(H2,10,11,15)(H2,16,17,18)/t4-,6-,7+,8-/m1/s1

InChIKey

• InChI 1.03: PCDQPRRSZKQHHS-CCXZUQQUSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate

PDBエントリ

全4件を表示しています

PDB-6dw3:
SAMHD1 Bound to Cytarabine-TP in the Catalytic Pocket

PDB-8k8s:
F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP

PDB-8v7b:
Human DNA polymerase eta-DNA-dT primer araCTP insertion ternary complex at pH7.0 (K+ MES) with 1 Ca2+ ion

PDB-9blf:
SARS-CoV-2 core polymerase complex inhibited by araCTP