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- PDB-6dkw: Crystal structure of Trk-A in complex with the Pan-Trk Kinase Inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dkw
タイトルCrystal structure of Trk-A in complex with the Pan-Trk Kinase Inhibitor, compound 3.
要素Tyrosine-protein kinase receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor Tyrosine kinase / TRANSFERASE / pan-Trk Kinase / Treatment for pain / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral response to formalin induced pain / neurotrophin p75 receptor binding / olfactory nerve development / response to hydrostatic pressure / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / mechanoreceptor differentiation / neurotrophin receptor activity ...behavioral response to formalin induced pain / neurotrophin p75 receptor binding / olfactory nerve development / response to hydrostatic pressure / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / programmed cell death involved in cell development / mechanoreceptor differentiation / neurotrophin receptor activity / nerve growth factor receptor activity / neurotrophin binding / Sertoli cell development / GPI-linked ephrin receptor activity / nerve growth factor signaling pathway / axonogenesis involved in innervation / Retrograde neurotrophin signalling / nerve growth factor binding / NGF-independant TRKA activation / sympathetic nervous system development / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of synapse assembly / PI3K/AKT activation / Frs2-mediated activation / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / neuron development / response to axon injury / Signalling to RAS / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / response to electrical stimulus / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / B cell differentiation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of GTPase activity / response to nutrient levels / cellular response to nerve growth factor stimulus / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / kinase binding / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to nicotine / circadian rhythm / recycling endosome membrane / positive regulation of angiogenesis / neuron projection development / late endosome / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / nervous system development / early endosome membrane / protein tyrosine kinase activity / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / early endosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / learning or memory / receptor complex / endosome membrane / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / axon / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...High affinity nerve growth factor receptor NTRK1 / Tyrosine kinase receptor A, transmembrane domain / Tyrosine kinase receptor A trans-membrane domain / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Leucine rich repeat / : / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GXA / Tyrosine-protein kinase receptor / High affinity nerve growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Brown, D.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Potent, Selective, and Peripherally Restricted Pan-Trk Kinase Inhibitors for the Treatment of Pain.
著者: Bagal, S.K. / Andrews, M. / Bechle, B.M. / Bian, J. / Bilsland, J. / Blakemore, D.C. / Braganza, J.F. / Bungay, P.J. / Corbett, M.S. / Cronin, C.N. / Cui, J.J. / Dias, R. / Flanagan, N.J. / ...著者: Bagal, S.K. / Andrews, M. / Bechle, B.M. / Bian, J. / Bilsland, J. / Blakemore, D.C. / Braganza, J.F. / Bungay, P.J. / Corbett, M.S. / Cronin, C.N. / Cui, J.J. / Dias, R. / Flanagan, N.J. / Greasley, S.E. / Grimley, R. / James, K. / Johnson, E. / Kitching, L. / Kraus, M.L. / McAlpine, I. / Nagata, A. / Ninkovic, S. / Omoto, K. / Scales, S. / Skerratt, S.E. / Sun, J. / Tran-Dube, M. / Waldron, G.J. / Wang, F. / Warmus, J.S.
履歴
登録2018年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase receptor
B: Tyrosine-protein kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2084
ポリマ－70,2032
非ポリマー1,0052
水1,31573
1
A: Tyrosine-protein kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6042
ポリマ－35,1021
非ポリマー5021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6042
ポリマ－35,1021
非ポリマー5021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.980, 93.980, 159.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase receptor


分子量: 35101.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: J3KP20, UniProt: P04629*PLUS, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GXA / 5-(1-methyl-1H-imidazol-4-yl)-2-[(1-{[4-(trifluoromethoxy)phenyl]acetyl}piperidin-4-yl)oxy]benzamide


分子量: 502.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25F3N4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: not available

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→81.39 Å / Num. obs: 18303 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 93.57 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.91→2.99 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1321 / Rsym value: 0.609 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
BUSTER位相決定
精密化解像度: 2.91→81.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.379
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 931 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 18268 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 95.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.7419 Å20 Å20 Å2
2---19.7419 Å20 Å2
3---39.4838 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.91→81.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4433 0 72 73 4578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014705HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.146418HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1627SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes99HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes753HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4705HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion553SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5297SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.91→3.09 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3142 145 5.13 %
Rwork0.2757 2681 -
all0.2777 2826 -
obs--97.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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