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- PDB-6c0t: Crystal structure of cGMP-dependent protein kinase Ialpha (PKG Ia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c0t
タイトルCrystal structure of cGMP-dependent protein kinase Ialpha (PKG Ialpha) catalytic domain bound with N46
要素cGMP-dependent protein kinase 1
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Serine/threonine protein kinases (EC 2.7.11.12) / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of glutamate secretion / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm ...negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of glutamate secretion / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle / Rap1 signalling / mitogen-activated protein kinase p38 binding / regulation of GTPase activity / cGMP-mediated signaling / dendrite development / cGMP effects / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcium channel regulator activity / spermatid development / cGMP binding / forebrain development / cerebellum development / acrosomal vesicle / neuron migration / sarcolemma / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / actin cytoskeleton organization / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EE4 / TRIETHYLENE GLYCOL / cGMP-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Qin, L. / Sankaran, B. / Kim, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM090161-08 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for selective inhibition of human PKG I alpha by the balanol-like compound N46.
著者: Qin, L. / Sankaran, B. / Aminzai, S. / Casteel, D.E. / Kim, C.
履歴
登録2018年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2624
ポリマ－39,4741
非ポリマー7883
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.730, 85.730, 50.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質 cGMP-dependent protein kinase 1 / cGK1 / cGMP-dependent protein kinase I / cGKI


分子量: 39473.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N46 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKG1, PRKG1B, PRKGR1A, PRKGR1B / プラスミド: pBlueBacHis2A / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13976, cGMP-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EE4 / N-[(3R,4R)-4-{[4-(2-fluoro-3-methoxy-6-propoxybenzene-1-carbonyl)benzene-1-carbonyl]amino}pyrrolidin-3-yl]-1H-indazole-5-carboxamide


分子量: 559.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30FN5O5
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24%w/v PEG1500, 20%v/v glycerol, 3% w/v Trimethylamine N-oxide dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→43.62 Å / Num. obs: 25870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.904 / CC1/2: 0.912

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BG2

6bg2


解像度: 1.98→42.865 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 1992 7.72 %
Rwork0.2072 --
obs0.2101 25804 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→42.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2606 0 55 98 2759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7783701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.947970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.02950.33741430.33841694X-RAY DIFFRACTION99
2.0295-2.08440.31721420.30381683X-RAY DIFFRACTION100
2.0844-2.14570.30991440.29221683X-RAY DIFFRACTION100
2.1457-2.2150.30571330.27451685X-RAY DIFFRACTION100
2.215-2.29410.28021410.26711685X-RAY DIFFRACTION100
2.2941-2.3860.31931470.26041715X-RAY DIFFRACTION100
2.386-2.49460.29091420.26641668X-RAY DIFFRACTION100
2.4946-2.62610.31761440.26081703X-RAY DIFFRACTION100
2.6261-2.79060.3111370.25211694X-RAY DIFFRACTION100
2.7906-3.0060.31191400.24261693X-RAY DIFFRACTION100
3.006-3.30840.24061450.23031719X-RAY DIFFRACTION100
3.3084-3.78690.22611430.19081699X-RAY DIFFRACTION100
3.7869-4.770.23021460.15571728X-RAY DIFFRACTION100
4.77-42.8750.17821450.17141763X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.6016 Å / Origin y: 18.2327 Å / Origin z: 6.4865 Å
111213212223313233
T0.4136 Å20.0075 Å2-0.0878 Å2-0.304 Å2-0.0302 Å2--0.2884 Å2
L3.0154 °20.6381 °20.3903 °2-2.3394 °2-0.771 °2--2.516 °2
S-0.0476 Å °-0.1747 Å °0.1589 Å °-0.0024 Å °0.0304 Å °0.2465 Å °-0.0077 Å °0.2584 Å °0.0173 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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