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- PDB-6bs2: Tubulin-RB3_SLD-TTL in complex with heterocyclic pyrimidine compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bs2
タイトルTubulin-RB3_SLD-TTL in complex with heterocyclic pyrimidine compound 8b
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE / Microtubule Inhibitor / Colchicine Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / microtubule depolymerization / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family ...Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Dna Ligase; domain 1 / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-E9Y / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Tubulin tyrosine ligase / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kumar, G. / Wang, Y. / Li, W. / White, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA148706 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Heterocyclic-Fused Pyrimidines as Novel Tubulin Polymerization Inhibitors Targeting the Colchicine Binding Site: Structural Basis and Antitumor Efficacy.
著者: Banerjee, S. / Arnst, K.E. / Wang, Y. / Kumar, G. / Deng, S. / Yang, L. / Li, G.B. / Yang, J. / White, S.W. / Li, W. / Miller, D.D.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,12722
ポリマ－261,3056
非ポリマー3,82216
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.101, 157.602, 181.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 2 through 54 or (resid 55...
21(chain D and (resid 2 through 319 or (resid 320...
12chain A
22(chain C and (resid 1 through 95 or (resid 96...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 54 or (resid 55...BB2 - 542 - 54
121THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 2 through 54 or (resid 55...BB5555
131ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 54 or (resid 55...BB2 - 4282 - 428
141ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 54 or (resid 55...BB2 - 4282 - 428
151ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 54 or (resid 55...BB2 - 4282 - 428
161ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 54 or (resid 55...BB2 - 4282 - 428
211ARGARGGLYGLY(chain D and (resid 2 through 319 or (resid 320...DD2 - 3192 - 319
221ARGARGARGARG(chain D and (resid 2 through 319 or (resid 320...DD320320
231METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 319 or (resid 320...DD1 - 4311 - 431
241METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 319 or (resid 320...DD1 - 4311 - 431
251METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 319 or (resid 320...DD1 - 4311 - 431
261METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 319 or (resid 320...DD1 - 4311 - 431
112METMETVALVALchain AAA1 - 4371 - 437
212METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 95 or (resid 96...CC1 - 951 - 95
222LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 95 or (resid 96...CC9696
232METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 95 or (resid 96...CC1 - 4401 - 440
242METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 95 or (resid 96...CC1 - 4401 - 440
252METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 95 or (resid 96...CC1 - 4401 - 440
262METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 95 or (resid 96...CC1 - 4401 - 440

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AGU7, UniProt: P02554*PLUS
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin tyrosine ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 186分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-E9Y / 1-(3,6-dimethyl[1,2]oxazolo[5,4-d]pyrimidin-4-yl)-6-methoxy-1,2,3,4-tetrahydroquinoline


分子量: 310.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O2
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6% PEG 4000, 5% Glycerol, 0.1 M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, pH 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 88135 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 41.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.942 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 587933
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.7160.94258110.6610.4161.0321.00299.9
2.71-2.786.50.81157950.7530.3430.8820.998100
2.78-2.856.80.68657940.8290.2840.7431.013100
2.85-2.946.80.5958060.8620.2430.6381.023100
2.94-3.036.70.45358150.9080.1890.4921.025100
3.03-3.146.30.35158160.9360.1510.3821.021100
3.14-3.276.90.28358490.9580.1160.3061.019100
3.27-3.4270.2258320.9740.0890.2370.996100
3.42-3.670.16458590.9830.0670.1770.991100
3.6-3.826.90.12758440.9880.0520.1380.955100
3.82-4.126.40.158940.990.0430.1090.936100
4.12-4.536.90.08458920.9920.0340.0910.926100
4.53-5.1970.07759170.9930.0310.0830.877100
5.19-6.536.40.07359980.9920.0310.0790.749100
6.53-506.40.05562130.9960.0240.060.60499.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→49.754 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 4222 4.93 %
Rwork0.1815 --
obs0.1841 85693 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.12 Å2 / Biso mean: 46.9287 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→49.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17210 0 253 170 17633
Biso mean--44.87 35.49 -
残基数----2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01224185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.55510673
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B3881X-RAY DIFFRACTION13.33TORSIONAL
12D3881X-RAY DIFFRACTION13.33TORSIONAL
21A3971X-RAY DIFFRACTION13.33TORSIONAL
22C3971X-RAY DIFFRACTION13.33TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.68010.4314860.30262013209972
2.6801-2.71160.2881130.26792245235881
2.7116-2.74470.31271280.25622394252288
2.7447-2.77940.35461390.24632575271493
2.7794-2.8160.27211310.22912691282297
2.816-2.85450.32751450.22312713285899
2.8545-2.89530.28721580.22392745290399
2.8953-2.93850.26031410.225727442885100
2.9385-2.98440.2951410.220527742915100
2.9844-3.03340.3041100.219927862896100
3.0334-3.08570.29171590.22627762935100
3.0857-3.14180.28071350.22727302865100
3.1418-3.20220.2571400.218827952935100
3.2022-3.26750.27041510.214927482899100
3.2675-3.33860.30491290.196127852914100
3.3386-3.41620.24851430.191727802923100
3.4162-3.50160.24021470.18228092956100
3.5016-3.59630.25891530.183427362889100
3.5963-3.70210.22251460.176627832929100
3.7021-3.82150.23131430.165127712914100
3.8215-3.95810.19851420.151227992941100
3.9581-4.11650.19191490.148927762925100
4.1165-4.30370.19961440.146327882932100
4.3037-4.53050.171530.132127792932100
4.5305-4.81410.18781390.13622796293599
4.8141-5.18540.17671470.14182810295799
5.1854-5.70660.21191400.1642811295199
5.7066-6.53080.25931650.18492803296899
6.5308-8.22210.21591610.17352836299799
8.2221-49.76260.19121440.18312880302495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7838-0.07840.10542.55511.27182.28910.0373-0.0269-0.0419-0.06850.1634-0.09770.28960.2151-0.16390.28670.027-0.0330.2431-0.09630.264325.3978-83.1554-61.3397
21.10730.53660.27291.80121.07652.4380.04510.0242-0.20150.0077-0.08780.11470.2267-0.2168-0.00490.1645-0.0026-0.00020.2567-0.09710.2915.9813-57.3389-29.1706
30.8660.1837-0.01181.26340.49881.4299-0.036-0.0908-0.05490.1033-0.01890.08320.0358-0.06960.04470.17830.04750.00550.1636-0.02720.184413.1543-29.04013.7828
41.6977-0.05190.50231.61420.30362.2904-0.2373-0.61090.23920.43330.1894-0.012-0.2795-0.14960.01780.51930.118-0.05350.4704-0.20370.288218.34611.702731.6925
50.26760.28370.40481.85351.9632.5372-0.04390.0464-0.0202-0.44680.5441-0.5474-0.50750.6655-0.47730.2863-0.04040.00690.4477-0.15830.435739.8231-41.3219-20.4515
61.8548-0.39341.85812.0021-0.9363.4358-0.33610.25790.6544-0.19390.0806-0.1994-0.68820.34050.14190.633-0.0917-0.10130.26860.06410.52854.6272-55.6308-92.2751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:501)A1 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 2:501)B2 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:501)C1 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:431)D1 - 431
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 6:141)E6 - 141
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 1:380)F1 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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