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- PDB-6bku: Crystal Structure of the Human CAMKK2B bound to GSK650394 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bku
タイトルCrystal Structure of the Human CAMKK2B bound to GSK650394
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
キーワードTRANSFERASE / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of autophagy of mitochondrion / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / regulation of protein kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Activation of AMPK downstream of NMDARs / calcium-mediated signaling ...positive regulation of autophagy of mitochondrion / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / regulation of protein kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Activation of AMPK downstream of NMDARs / calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / MAPK cascade / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / calmodulin binding / positive regulation of protein phosphorylation / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXV / FORMIC ACID / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Counago, R.M. / dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Ramos, P.Z. / Drewry, D. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human CAMKK2B bound to GSK650394
著者: Counago, R.M. / dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Ramos, P.Z. / Drewry, D. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5563
ポリマ－33,1271
非ポリマー4282
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
ヘテロ分子

A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1116
ポリマ－66,2552
非ポリマー8574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.971, 72.971, 119.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2 / CaMKK 2 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase beta / CaMKK beta


分子量: 33127.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMKK2, CAMKKB, KIAA0787 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q96RR4, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DXV / 2-cyclopentyl-4-(5-phenyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)benzoic acid / gsk-650394


分子量: 382.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20% PEG smear medium, 0.2M sodium formate, 0.1M sodium-potassium phosphate, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.97 Å / Num. obs: 20267 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.724 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1601 / CC1/2: 0.534 / Rpim(I) all: 0.579 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UYJ

5uyj


解像度: 2→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.524 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23658 1012 5 %RANDOM
Rwork0.19271 ---
obs0.19483 19202 89.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.588 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.81 Å2-0 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2081 0 32 102 2215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192161
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9662928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92.9854650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6545265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.242590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.91115368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.73157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4224.4361066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4214.4381067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.526.641329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5186.6431330
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9414.7181093
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6526.9541600
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.1351.7942379
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.12951.7842380
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 75 -
Rwork0.323 1525 -
obs--99.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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