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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aji | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with Rimonabant | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / transporter / RND family / cell wall biosynthesis / drug target | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / phospholipid transport / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / D-mannose binding / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / defense response / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / toxin activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, B. / Li, J. / Yang, X.L. / Wu, L.J. / Yang, H.T. / Rao, Z.H. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 7件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Crystal Structures of Membrane Transporter MmpL3, an Anti-TB Drug Target. 著者: Zhang, B. / Li, J. / Yang, X. / Wu, L. / Zhang, J. / Yang, Y. / Zhao, Y. / Zhang, L. / Yang, X. / Yang, X. / Cheng, X. / Liu, Z. / Jiang, B. / Jiang, H. / Guddat, L.W. / Yang, H. / Rao, Z. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6aji.cif.gz | 360.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6aji.ent.gz | 292.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6aji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6aji_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6aji_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6aji_validation.xml.gz | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6aji_validation.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aji | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104007.633 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: mmpL3, MSMEI_0243, e, T4Tp126 発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: I7G2R2, UniProt: D9IEF7, UniProt: A0QP27*PLUS, lysozyme | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-AY6 / | ||
#3: 糖 | #4: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.66 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10%-20% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 350 (PEGMME 350), 50 mM ADA (N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid) (pH 6.0-7.0), 7.5%-17.5% (v/v) polyethylene glycol 2000 (PEG 2000) PH範囲: 6.0-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→99.852 Å / Num. obs: 39501 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 91.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 15.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6AJF 解像度: 2.9→44.812 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 209.17 Å2 / Biso mean: 102.5389 Å2 / Biso min: 51.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→44.812 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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