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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a36 | ||||||
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タイトル | Mandelate oxidase mutant-Y128F with the 3-fluoropyruvic acid FMN adduct | ||||||
![]() | 4-hydroxymandelate oxidase | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / : / fatty acid alpha-oxidation / L-lactate dehydrogenase activity / FMN binding / peroxisome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, T.L. / Lin, K.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and chemical trapping of flavin-oxide intermediates reveals substrate-directed reaction multiplicity. 著者: Lin, K.H. / Lyu, S.Y. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Wang, Z.C. / Wu, C.J. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5zztC ![]() 6a01C ![]() 6a0bC ![]() 6a1bC ![]() 6a1nC ![]() 6a1wC ![]() 6a24C ![]() 6a3dC ![]() 6a4gC ![]() 6a4hC ![]() 7bsrC ![]() 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hmo / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-9P9 / |
#3: 化合物 | ChemComp-9PF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.44→30 Å / Num. obs: 96402 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rpim(I) all: 0.013 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 52.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.49 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 9506 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.241 / Χ2: 0.865 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SGZ 解像度: 1.44→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.9 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.756 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.44→30 Å
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拘束条件 |
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