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- EMDB-6929: Cryo-EM structure of the red algal PSI-LHCR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6929
タイトルCryo-EM structure of the red algal PSI-LHCR
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-5Lhcr
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding ...thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / : / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / Photosystem I subunit O / Similar to light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 ...Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24 / Photosystem I subunit O / Similar to light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center subunit VII / Photosystem I iron-sulfur center / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物) / Red alga (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Pi X
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Unique organization of photosystem I-light-harvesting supercomplex revealed by cryo-EM from a red alga.
著者: Xiong Pi / Lirong Tian / Huai-En Dai / Xiaochun Qin / Lingpeng Cheng / Tingyun Kuang / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems present in oxygenic photosynthetic organisms and functions to harvest and convert light energy into chemical energy in photosynthesis. In eukaryotic ...Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems present in oxygenic photosynthetic organisms and functions to harvest and convert light energy into chemical energy in photosynthesis. In eukaryotic algae and higher plants, PSI consists of a core surrounded by variable species and numbers of light-harvesting complex (LHC)I proteins, forming a PSI-LHCI supercomplex. Here, we report cryo-EM structures of PSI-LHCR from the red alga in two forms, one with three Lhcr subunits attached to the side, similar to that of higher plants, and the other with two additional Lhcr subunits attached to the opposite side, indicating an ancient form of PSI-LHCI. Furthermore, the red algal PSI core showed features of both cyanobacterial and higher plant PSI, suggesting an intermediate type during evolution from prokaryotes to eukaryotes. The structure of PsaO, existing in eukaryotic organisms, was identified in the PSI core and binds three chlorophylls and may be important in harvesting energy and in mediating energy transfer from LHCII to the PSI core under state-2 conditions. Individual attaching sites of LHCRs with the core subunits were identified, and each Lhcr was found to contain 11 to 13 chlorophylls and 5 zeaxanthins, which are apparently different from those of LHCs in plant PSI-LHCI. Together, our results reveal unique energy transfer pathways different from those of higher plant PSI-LHCI, its adaptation to the changing environment, and the possible changes of PSI-LHCI during evolution from prokaryotes to eukaryotes.
履歴
登録2018年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月11日-
マップ公開2018年4月25日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0562
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  • 原子モデル: PDB-5zgb
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6929.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 294. Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 294. Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 294. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0562 / ムービー #1: 0.0562
最小 - 最大-0.17014694 - 0.6529895
平均 (標準偏差)0.00007548861 (±0.013605257)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 294.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.000294.000294.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1700.6530.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSI-5Lhcr

全体名称: PSI-5Lhcr
要素
  • 複合体: PSI-5Lhcr
    • タンパク質・ペプチド: PsaA
    • タンパク質・ペプチド: PsaB
    • タンパク質・ペプチド: PsaC
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: PsaI
    • タンパク質・ペプチド: PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Lhcr1
    • タンパク質・ペプチド: Lhcr2
    • タンパク質・ペプチド: Lhcr3
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-D-GLUCOSE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate
  • リガンド: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: 1-DODECANOL

+
超分子 #1: PSI-5Lhcr

超分子名称: PSI-5Lhcr / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Cyanidioschyzon merolae (真核生物)

+
分子 #1: PsaA

分子名称: PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 82.763461 KDa
配列文字列: MTLTTEKQVK VVVDRDVVPT SFEKWAKPGH FSRSLAKGPK TTTWIWNLHA DAHDFDSHTS SLEEVSRKIF SAHFGQLAII FIWLSGMYF HGARFSNYVA WLSNPTGIKP SAQVVWPIVG QQILNADVGG GMQGIQITSG LFQLWRASGI VNELQLYVTA L GGLGMAGL ...文字列:
MTLTTEKQVK VVVDRDVVPT SFEKWAKPGH FSRSLAKGPK TTTWIWNLHA DAHDFDSHTS SLEEVSRKIF SAHFGQLAII FIWLSGMYF HGARFSNYVA WLSNPTGIKP SAQVVWPIVG QQILNADVGG GMQGIQITSG LFQLWRASGI VNELQLYVTA L GGLGMAGL MIFAGWFHYH KAAPKLEWFQ NVESMLNHHL AGLLGLGSLS WAGHQIHVSL PINKLLDAGV APSSIPLPHE FI LNRNLMA ELYPSFQQGL VPFFTLNWKQ YSDILTFKGG LSPVTGGLWL TDVAHHHLAI AVLFLVAGHM YRTNWGIGHS IKQ ILEAHK GPLTGEGHKG LYEILTTSWH ANLAINLAML GSLSIIVAHH MYAMPPYPYL ATDYPTQLSL FTHHMWIGGF CIVG AGAHA AIYMVRDYSP TVNFNNVLDR MIRHRDAIIS HLNWVCIFLG MHSFGLYIHN DTMRALGRAQ DMFSDTAIQL QPVFA QWIQ QIHTLAPGNT AVNALATASY AFGADTVTVG SKIAMMPIKL GTADFMVHHI HAFTIHVTTL ILLKGVLYAR NSRLIP DKA NLGFRFPCDG PGRGGTCQVS AWDHVFLGLF WMYNALSIVI FHFSWKMQSD VWGTVTSNGA ISHITGGNFA QSAITIN GW LRDFLWAQAS QVIQSYGSSL SAYGLMFLGA HFVWAFSLMF LFSGRGYWQE LIESIVWAHN KLKVAPAIAP RALSITQG R AVGVAHYLLG GIATTWAFFL ARIIAVG

+
分子 #2: PsaB

分子名称: PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 82.107852 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALASDPTTRR IWYGIATAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVAN PLKTKPLAH AIWDPHFGQA ALKAFTRGDT VANISYSGVY HWWYTIGIRN NVELYTGALG LLVLSAVFLL AGWLHIQPKF K PSLSWFKN ...文字列:
MATKFPKFSQ ALASDPTTRR IWYGIATAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVAN PLKTKPLAH AIWDPHFGQA ALKAFTRGDT VANISYSGVY HWWYTIGIRN NVELYTGALG LLVLSAVFLL AGWLHIQPKF K PSLSWFKN NESRLNHHLA GLFGVSSLAW TGHLVHVAIP ASRGQHVGWD NFIMTPPHPA GLQPFFTGNW SVYAQSPDSM QH VFGTSQG AGTAILTFLG GFHPQTQSLW LTDMAHHHLA IAVIFIVAGH MYRTNFGIGH NLKTILEAHR PPSGRLGKGH IGI YQTLTN SLHFQLGLAL ASLSVVTSLV AQHMYAMPPY AYMAFDYVTQ SALYTHHQYI AGLLIVGAFA HGAIFFIRDY DPEQ NQDNV LARMLAHKEA VISHLSWVSL FLGFHTLGLY VHNDVVVAFG NPEKQILIEP IFAQWIQATS GKMLYGFQVL LSSST SNAS VAAQQLWLPG WLEAVNNESN SLFLTIGPGD FLVHHAIALG LHTTTLILVK GALDARGSKL MPDKKDFGYS FPCDGP GRG GTCDISAWDA FYLAMFWMLN TIGWVTFYWH WKHLSLWQGN VAQFNESSTY LMGWLRDYLW LNSSPLINGY NPYGMNS LA VWSWMFLFAH LVWATGFMFL ISWRGYWQEL IETLAWAHER TPLANLIRWK DKPVALSIVQ ARLVGLVHFT VGYILTYA A FVIASTAGKF S

+
分子 #3: PsaC

分子名称: PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 8.822272 KDa
配列文字列:
MAHTVKIYDN CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAGQMA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG GETTRSMGLA Y

+
分子 #4: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 15.698932 KDa
配列文字列:
MLNLKMPSPS FLGSTGGWLR CAETEEKYAM TWSSDQQHIF EMPTGGAAVM NSGDNLLYLA RKEQALALAT QLRTQFKIQD YKIYRIFPS GEVQYLHPKD GVLPYQVNKG REQVGRVKST IGKNVNPAQV KFTSKATYDR

+
分子 #5: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 10.545162 KDa
配列文字列:
MIKKGSLVKI LRPESFWYNE VGTVVNVETS KVLYPVLVRF DKVNYSGLNS TNFSLDELVE IKVEIKSDTS AKSPVKPPVK SEVKAEKEN KKEGA

+
分子 #6: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 21.239318 KDa
配列文字列:
MFKRSLIFIA AVMSVCQISA IQISAVSADV LTPCQQSEAF HKREINEVRT LENRQANYEA NSPSYLALQS QIDQVHKRFD KYGTLLCGQ DGLPHLITDG DWRHAREFTI PALLFLYITG WIGWVGRSYL KYTKETKNPT EQEIILDVPM ALKYMLSGFL W PLSAWQEY RSGQLLAKED EITVSPR

+
分子 #7: PsaI

分子名称: PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 3.408184 KDa
配列文字列:
MSASYLPSIL VPTVGLILPF ASMAILFIAI EK

+
分子 #8: PsaJ

分子名称: PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 4.410245 KDa
配列文字列:
MNLKKYLSTA PVVATLWLFL TAGILIELNR FFPDSLFY

+
分子 #9: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 6.295657 KDa
配列文字列:
MMITIPYTIP TIMVISNLVG VAVGRYALGR SDLTQLIASM CFGHIIGVGI VLGLSNMGVI

+
分子 #10: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 15.157522 KDa
配列文字列:
MTDYIKPYNN DPFVGHLATP INSSSLTRAY LSQLPIYRRG VSPFLRGLEI GMAHGYFLIG PFVQLGPLRN TDIKYLAGLL SAIGLIVIL TLGMLLYGAV SFTNDSQDLE SVDGWRQLAS GFLLGAVGGA GFAYLLLTLF S

+
分子 #11: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 3.139878 KDa
配列文字列:
MITDNQVFVA LIMALVCGYL AVKLAKQLA

+
分子 #12: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 16.744471 KDa
配列文字列:
MYGFVSVLPV ASALQRQQCT CAARCSFTTR AARVAPVRIA LSRPQRLVGA SSLRMFEVSD GEPYPLNPAV IFIALIGWSA VAAIPSNIP VLGGTGLTQA FLASIQRLLA QYPTGPKLDD PFWFYLIVYH VGLFALLIFG QIGYAGYAKG TYNRSA

+
分子 #13: Lhcr1

分子名称: Lhcr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 19.808818 KDa
配列文字列:
EQSPALPFLS KPPNLSPDMP GYRGFDPLRF SDAFDVNWLQ EGEIKNGRVA MLACLHFFVT EFYQFPFFAG APKLAGPAHD YFVKSGAMI QILAFIGFLE FLLHRGKVLY SDMEWKGRKP GELGFNPLNL PNDKAMRDRE VNNGRLAMLG FAGIIHGEFL N GKMPFEQI TNFQPLQ

+
分子 #14: Lhcr2

分子名称: Lhcr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 21.960398 KDa
配列文字列: TRVPARGLRM QAPSGATMPS MPFLKRPSKL DGSLPGGEGC FDPLGFTEVF SLEWLREAEI KHCRVAMLAV LGVIAQEFGT FDFYNAKSK LQLSPDLHNQ FVQNGALQQI LLFVCAWEFI VGLPALIESV NGNREPGYFG FDPLKLGGTV GSAQWKRMQA G ELRNGRLA ...文字列:
TRVPARGLRM QAPSGATMPS MPFLKRPSKL DGSLPGGEGC FDPLGFTEVF SLEWLREAEI KHCRVAMLAV LGVIAQEFGT FDFYNAKSK LQLSPDLHNQ FVQNGALQQI LLFVCAWEFI VGLPALIESV NGNREPGYFG FDPLKLGGTV GSAQWKRMQA G ELRNGRLA MIAFGGFFHQ QLLTKQGIIE QLAHFNAIKP N

+
分子 #15: Lhcr3

分子名称: Lhcr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red alga (真核生物) / 株: 10D
分子量理論値: 20.458535 KDa
配列文字列:
TNVARSSGNS RSVPFAPVPE AVRESGLAGS EAEFDPLMIT SYLPISWMRE SEVKHGRIAM LAFVGTLAQQ AYQFPWYKGA PTTLVGAHD HFVTTALAQI LLFTSAFEIV AGVPAAIQTV RGSGRLPGYY GFDPLGLWGK DEASRKRMEL AEVKNGRLAM I AMLALWHQ EVLSGGMGVI EQLVKQKFTP

+
分子 #16: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #17: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 157 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #18: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #20: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 21 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #22: BETA-D-GLUCOSE

分子名称: BETA-D-GLUCOSE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: BGC
分子量理論値: 180.156 Da

+
分子 #23: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #24: (2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate

分子名称: (2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: 3XQ
分子量理論値: 358.556 Da
Chemical component information

ChemComp-3XQ:
(2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate / 1-O-ステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #25: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,...

分子名称: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 25 / 式: ZEX
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-ZEX:
(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol

+
分子 #26: 1-DODECANOL

分子名称: 1-DODECANOL / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: 1DO
分子量理論値: 186.334 Da
Chemical component information

ChemComp-1DO:
1-DODECANOL / 1-ドデカノ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 2.17 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4xk8

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 124279
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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