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- EMDB-6925: M. smegmatis Trans-translation state 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6925
タイトルM. smegmatis Trans-translation state 70S ribosome
マップデータTrans-translating 70S map of M. smegmatis
試料
  • 複合体: tmRNA and SmpB in trans-translating state of M. smegmatis
    • RNA: tmRNA
    • RNA: A-tRNAfMet
    • タンパク質・ペプチド: SsrA-binding protein
キーワードtrans-translating state / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性trans-translation / SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / RNA binding / cytoplasm / SsrA-binding protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) / Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å
データ登録者Mishra S / Ahmed T
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structures of Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in complex with HPF, tmRNA, and P-tRNA.
著者: Satabdi Mishra / Tofayel Ahmed / Anu Tyagi / Jian Shi / Shashi Bhushan /
要旨: Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these ...Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these different functional states of ribosomes to understand their mechanism of action. Here, we present single particle cryo-EM reconstructions of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in the hibernating state (with HPF), trans-translating state (with tmRNA), and the P/P state (with P-tRNA) resolved to 4.1, 12.5, and 3.4 Å, respectively. A comparison of the P/P state with the hibernating state provides possible functional insights about the Mycobacteria-specific helix H54a rRNA segment. Interestingly, densities for all the four OB domains of bS1 protein is visible in the hibernating 70S ribosome displaying the molecular details of bS1-70S interactions. Our structural data shows a Mycobacteria-specific H54a-bS1 interaction which seems to prevent subunit dissociation and degradation during hibernation without the formation of 100S dimer. This indicates a new role of bS1 protein in 70S protection during hibernation in Mycobacteria in addition to its conserved function during translation initiation.
履歴
登録2018年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月26日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zey
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5zey
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Trans-translating 70S map of M. smegmatis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.041628912 - 0.08586581
平均 (標準偏差)0.0013222978 (±0.0068636946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0420.0860.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : tmRNA and SmpB in trans-translating state of M. smegmatis

全体名称: tmRNA and SmpB in trans-translating state of M. smegmatis
要素
  • 複合体: tmRNA and SmpB in trans-translating state of M. smegmatis
    • RNA: tmRNA
    • RNA: A-tRNAfMet
    • タンパク質・ペプチド: SsrA-binding protein

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超分子 #1: tmRNA and SmpB in trans-translating state of M. smegmatis

超分子名称: tmRNA and SmpB in trans-translating state of M. smegmatis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 2.6 MDa

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分子 #1: tmRNA

分子名称: tmRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 119.208492 KDa
配列文字列: GGGGCUGAAC GGUUUCGACU UCGAGCAUCG AAUCCAGGGA AGCGUGCCGG UGCAGGCAAG AGACCACCGU AAGCGUCGUU GCAACCAAU UAAGCGCCGA UUCCAAUCAG CGCGACUACG CCCUCGCUGC CUAAGCGACG GCUGGUCUGU CAGACCGGGA G UGCCCUCG ...文字列:
GGGGCUGAAC GGUUUCGACU UCGAGCAUCG AAUCCAGGGA AGCGUGCCGG UGCAGGCAAG AGACCACCGU AAGCGUCGUU GCAACCAAU UAAGCGCCGA UUCCAAUCAG CGCGACUACG CCCUCGCUGC CUAAGCGACG GCUGGUCUGU CAGACCGGGA G UGCCCUCG GCCCGGAUCC UGGCAUCAGC UAGAGGGACC CACCCACGGG UUCGGUCGCG GGACCUGUGG GGACAUCAAA CA GCGACUG GGAUCGUCAU CUCGGCUUGU UCGUGUGACC GGGAGAUCCG AGUAGAGACA UAGCGAACUG CGCACGGAGA AGC CUCGAG GACAUGCCGU AGGACCCGGG UUCAAUUCCC GGCAGCUCCA CCA

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

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分子 #2: A-tRNAfMet

分子名称: A-tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.786785 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA

GENBANK: GENBANK: CP016018.1

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分子 #3: SsrA-binding protein

分子名称: SsrA-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 18.325039 KDa
配列文字列:
MTKKSASSNN KVVATNRKAR HNYTILDTYE AGIVLMGTEV KSLREGQASL ADAFATVDDG EIWLRNVHIA EYHHGTWTNH APRRNRKLL LHRKQIDNLI GKIRDGNLTL VPLSIYFTDG KVKVELALAR GKQAHDKRQD LARRDAQREV IRELGRRAKG K I

UniProtKB: SsrA-binding protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 391837
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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