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- EMDB-6906: Cryo-EM structure of human Dicer and its complexes with a pre-miR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6906
タイトルCryo-EM structure of human Dicer and its complexes with a pre-miRNA substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: Dicer and trbp
    • 複合体: Human Dicer-TRBP with Pre-let-7 complex Class II
      • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dicer
      • タンパク質・ペプチド: RISC-loading complex subunit TARBP2
      • RNA: RNA (73-mer)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / regulation of viral transcription / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of regulatory ncRNA processing / peripheral nervous system myelin formation / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis ...regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / regulation of viral transcription / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of regulatory ncRNA processing / peripheral nervous system myelin formation / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / tRNA decay / global gene silencing by mRNA cleavage / negative regulation of Schwann cell proliferation / ribonuclease III / positive regulation of myelination / apoptotic DNA fragmentation / nerve development / positive regulation of Schwann cell differentiation / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / deoxyribonuclease I activity / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / miRNA processing / siRNA binding / pre-miRNA processing / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / pre-mRNA binding / siRNA processing / RISC complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / miRNA binding / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of viral genome replication / protein sequestering activity / RNA endonuclease activity / helicase activity / neuron projection morphogenesis / negative regulation of protein kinase activity / PKR-mediated signaling / double-stranded RNA binding / regulation of translation / nuclear body / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain ...RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RISC-loading complex subunit TARBP2 / Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Liu Z / Wang J / Cheng H / Ke X / Sun L / Zhang QC / Wang H-W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation of China31530018 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM Structure of Human Dicer and Its Complexes with a Pre-miRNA Substrate.
著者: Zhongmin Liu / Jia Wang / Hang Cheng / Xin Ke / Lei Sun / Qiangfeng Cliff Zhang / Hong-Wei Wang /
要旨: Human Dicer (hDicer) is a multi-domain protein belonging to the RNase III family. It plays pivotal roles in small RNA biogenesis during the RNA interference (RNAi) pathway by processing a diverse ...Human Dicer (hDicer) is a multi-domain protein belonging to the RNase III family. It plays pivotal roles in small RNA biogenesis during the RNA interference (RNAi) pathway by processing a diverse range of double-stranded RNA (dsRNA) precursors to generate ∼22 nt microRNA (miRNA) or small interfering RNA (siRNA) products for sequence-directed gene silencing. In this work, we solved the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of hDicer in complex with its cofactor protein TRBP and revealed the precise spatial arrangement of hDicer's multiple domains. We further solved structures of the hDicer-TRBP complex bound with pre-let-7 RNA in two distinct conformations. In combination with biochemical analysis, these structures reveal a property of the hDicer-TRBP complex to promote the stability of pre-miRNA's stem duplex in a pre-dicing state. These results provide insights into the mechanism of RNA processing by hDicer and illustrate the regulatory role of hDicer's N-terminal helicase domain.
履歴
登録2018年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月9日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zam
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6906.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 180 pix.
= 246.6 Å		1.37 Å/pix.
x 180 pix.
= 246.6 Å		1.37 Å/pix.
x 180 pix.
= 246.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.06162785 - 0.16179188
平均 (標準偏差)0.0009037156 (±0.00680304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 246.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.600246.600246.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0620.1620.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dicer and trbp

全体名称: Dicer and trbp
要素
  • 複合体: Dicer and trbp
    • 複合体: Human Dicer-TRBP with Pre-let-7 complex Class II
      • タンパク質・ペプチド: Endoribonuclease Dicer
      • タンパク質・ペプチド: RISC-loading complex subunit TARBP2
      • RNA: RNA (73-mer)

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超分子 #1: Dicer and trbp

超分子名称: Dicer and trbp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 270 KDa

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超分子 #2: Human Dicer-TRBP with Pre-let-7 complex Class II

超分子名称: Human Dicer-TRBP with Pre-let-7 complex Class II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endoribonuclease Dicer

分子名称: Endoribonuclease Dicer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 218.947328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKSPALQPLS MAGLQLMTPA SSPMGPFFGL PWQQEAIHDN IYTPRKYQVE LLEAALDHNT IVCLNTGSGK TFIAVLLTKE LSYQIRGDF SRNGKRTVFL VNSANQVAQQ VSAVRTHSDL KVGEYSNLEV NASWTKERWN QEFTKHQVLI MTCYVALNVL K NGYLSLSD ...文字列:
MKSPALQPLS MAGLQLMTPA SSPMGPFFGL PWQQEAIHDN IYTPRKYQVE LLEAALDHNT IVCLNTGSGK TFIAVLLTKE LSYQIRGDF SRNGKRTVFL VNSANQVAQQ VSAVRTHSDL KVGEYSNLEV NASWTKERWN QEFTKHQVLI MTCYVALNVL K NGYLSLSD INLLVFDECH LAILDHPYRE IMKLCENCPS CPRILGLTAS ILNGKCDPEE LEEKIQKLEK ILKSNAETAT DL VVLDRYT SQPCEIVVDC GPFTDRSGLY ERLLMELEEA LNFINDCNIS VHSKERDSTL ISKQILSDCR AVLVVLGPWC ADK VAGMMV RELQKYIKHE QEELHRKFLL FTDTFLRKIH ALCEEHFSPA SLDLKFVTPK VIKLLEILRK YKPYERQQFE SVEW YNNRN QDNYVSWSDS EDDDEDEEIE EKEKPETNFP SPFTNILCGI IFVERRYTAV VLNRLIKEAG KQDPELAYIS SNFIT GHGI GKNQPRNKQM EAEFRKQEEV LRKFRAHETN LLIATSIVEE GVDIPKCNLV VRFDLPTEYR SYVQSKGRAR APISNY IML ADTDKIKSFE EDLKTYKAIE KILRNKCSKS VDTGETDIDP VMDDDDVFPP YVLRPDDGGP RVTINTAIGH INRYCAR LP SDPFTHLAPK CRTRELPDGT FYSTLYLPIN SPLRASIVGP PMSCVRLAER VVALICCEKL HKIGELDDHL MPVGKETV K YEEELDLHDE EETSVPGRPG STKRRQCYPK AIPECLRDSY PRPDQPCYLY VIGMVLTTPL PDELNFRRRK LYPPEDTTR CFGILTAKPI PQIPHFPVYT RSGEVTISIE LKKSGFMLSL QMLELITRLH QYIFSHILRL EKPALEFKPT DADSAYCVLP LNVVNDSST LDIDFKFMED IEKSEARIGI PSTKYTKETP FVFKLEDYQD AVIIPRYRNF DQPHRFYVAD VYTDLTPLSK F PSPEYETF AEYYKTKYNL DLTNLNQPLL DVDHTSSRLN LLTPRHLNQK GKALPLSSAE KRKAKWESLQ NKQILVPELC AI HPIPASL WRKAVCLPSI LYRLHCLLTA EELRAQTASD AGVGVRSLPA DFRYPNLDFG WKKSIDSKSF ISISNSSSAE NDN YCKHST IVPENAAHQG ANRTSSLENH DQMSVNCRTL LSESPGKLHV EVSADLTAIN GLSYNQNLAN GSYDLANRDF CQGN QLNYY KQEIPVQPTT SYSIQNLYSY ENQPQPSDEC TLLSNKYLDG NANKSTSDGS PVMAVMPGTT DTIQVLKGRM DSEQS PSIG YSSRTLGPNP GLILQALTLS NASDGFNLER LEMLGDSFLK HAITTYLFCT YPDAHEGRLS YMRSKKVSNC NLYRLG KKK GLPSRMVVSI FDPPVNWLPP GYVVNQDKSN TDKWEKDEMT KDCMLANGKL DEDYEEEDEE EESLMWRAPK EEADYED DF LEYDQEHIRF IDNMLMGSGA FVKKISLSPF STTDSAYEWK MPKKSSLGSM PFSSDFEDFD YSSWDAMCYL DPSKAVEE D DFVVGFWNPS EENCGVDTGK QSISYDLHTE QCIADKSIAD CVEALLGCYL TSCGERAAQL FLCSLGLKVL PVIKRTDRE KALCPTRENF NSQQKNLSVS CAAASVASSR SSVLKDSEYG CLKIPPRCMF DHPDADKTLN HLISGFENFE KKINYRFKNK AYLLQAFTH ASYHYNTITD CYQRLEFLGD AILDYLITKH LYEDPRQHSP GVLTDLRSAL VNNTIFASLA VKYDYHKYFK A VSPELFHV IDDFVQFQLE KNEMQGMDSE LRRSEEDEEK EEDIEVPKAM GDIFESLAGA IYMDSGMSLE TVWQVYYPMM RP LIEKFSA NVPRSPVREL LEMEPETAKF SPAERTYDGK VRVTVEVVGK GKFKGVGRSY RIAKSAAARR ALRSLKANQP QVP NS

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分子 #2: RISC-loading complex subunit TARBP2

分子名称: RISC-loading complex subunit TARBP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.085277 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEEEQGSGT TTGCGLPSIE QMLAANPGKT PISLLQEYGT RIGKTPVYDL LKAEGQAHQP NFTFRVTVGD TSCTGQGPSK KAAKHKAAE VALKHLKGGS MLEPALEDSS SFSPLDSSLP EDIPVFTAAA AATPVPSVVL TRSPPMELQP PVSPQQSECN P VGALQELV ...文字列:
MSEEEQGSGT TTGCGLPSIE QMLAANPGKT PISLLQEYGT RIGKTPVYDL LKAEGQAHQP NFTFRVTVGD TSCTGQGPSK KAAKHKAAE VALKHLKGGS MLEPALEDSS SFSPLDSSLP EDIPVFTAAA AATPVPSVVL TRSPPMELQP PVSPQQSECN P VGALQELV VQKGWRLPEY TVTQESGPAH RKEFTMTCRV ERFIEIGSGT SKKLAKRNAA AKMLLRVHTV PLDARDGNEV EP DDDHFSI GVGSRLDGLR NRGPGCTWDS LRNSVGEKIL SLRSCSLGSL GALGPACCRV LSELSEEQAF HVSYLDIEEL SLS GLCQCL VELSTQPATV CHGSATTREA ARGEAARRAL QYLKIMAGSK

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分子 #3: RNA (73-mer)

分子名称: RNA (73-mer) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.37583 KDa
配列文字列:
UGAGGUAGUA GGUUGUAUAG UUUUAGGGUC ACACCCACCA CUGGGAGAUA ACUAUACAAU CUACUGUCUU ACC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 2 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 詳細: The grid was glow-discharged prior to use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 4 microlitres were applied to do vitrified samples..
詳細Human Dicer-TRBP with Pre-let-7 complex were distributed homogenenously in ice.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
特殊光学系位相板: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2849 / 平均露光時間: 5.44 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 倍率（補正後）: 36496 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 89000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5601


詳細: Low-Pass to 60A
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 60000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 60000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 100 / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-5zam:
Cryo-EM structure of human Dicer and its complexes with a pre-miRNA substrate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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