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万見
- EMDB-6777: Electron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6777
タイトルElectron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex
マップデータElectron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex
試料
  • 複合体: LbuCas13a-crRNA binary complex
    • タンパク質・ペプチド: A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a
    • RNA: RNA (59-MER)
キーワードCas13a / CRISPR / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性: / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
機能・相同性情報
生物種Leptotrichia buccalis (バクテリア) / Leptotrichia buccalis (strain ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b) (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang X / Wang Y
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
the Chinese Ministry of Science and Technology2014CB910102 中国
the Natural Science Foundation of China91440201, 31571335, 31400640, 31570874 中国
the Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08010203 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: The Molecular Architecture for RNA-Guided RNA Cleavage by Cas13a.
著者: Liang Liu / Xueyan Li / Jun Ma / Zongqiang Li / Lilan You / Jiuyu Wang / Min Wang / Xinzheng Zhang / Yanli Wang /
要旨: Cas13a, a type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, degrades invasive RNAs targeted by CRISPR RNA (crRNA) and has potential applications in RNA technology. To understand how Cas13a ...Cas13a, a type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, degrades invasive RNAs targeted by CRISPR RNA (crRNA) and has potential applications in RNA technology. To understand how Cas13a is activated to cleave RNA, we have determined the crystal structure of Leptotrichia buccalis (Lbu) Cas13a bound to crRNA and its target RNA, as well as the cryo-EM structure of the LbuCas13a-crRNA complex. The crRNA-target RNA duplex binds in a positively charged central channel of the nuclease (NUC) lobe, and Cas13a protein and crRNA undergo a significant conformational change upon target RNA binding. The guide-target RNA duplex formation triggers HEPN1 domain to move toward HEPN2 domain, activating the HEPN catalytic site of Cas13a protein, which subsequently cleaves both single-stranded target and collateral RNAs in a non-specific manner. These findings reveal how Cas13a of type VI CRISPR-Cas systems defend against RNA phages and set the stage for its development as a tool for RNA manipulation.
履歴
登録2017年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月13日-
マップ公開2017年9月13日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xwy
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Electron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 200 pix.
= 164. Å		0.82 Å/pix.
x 200 pix.
= 164. Å		0.82 Å/pix.
x 200 pix.
= 164. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.12865293 - 0.20330638
平均 (標準偏差)0.00039493514 (±0.0066677476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 164.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z164.000164.000164.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1290.2030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : LbuCas13a-crRNA binary complex

全体名称: LbuCas13a-crRNA binary complex
要素
  • 複合体: LbuCas13a-crRNA binary complex
    • タンパク質・ペプチド: A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a
    • RNA: RNA (59-MER)

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超分子 #1: LbuCas13a-crRNA binary complex

超分子名称: LbuCas13a-crRNA binary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Leptotrichia buccalis (バクテリア) / 株: ATCC 14201

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分子 #1: A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a

分子名称: A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leptotrichia buccalis (strain ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b) (バクテリア)
株: ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b
分子量理論値: 138.555156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKVTKVGGIS HKKYTSEGRL VKSESEENRT DERLSALLNM RLDMYIKNPS STETKENQKR IGKLKKFFSN KMVYLKDNTL SLKNGKKEN IDREYSETDI LESDVRDKKN FAVLKKIYLN ENVNSEELEV FRNDIKKKLN KINSLKYSFE KNKANYQKIN E NNIEKVEG ...文字列:
MKVTKVGGIS HKKYTSEGRL VKSESEENRT DERLSALLNM RLDMYIKNPS STETKENQKR IGKLKKFFSN KMVYLKDNTL SLKNGKKEN IDREYSETDI LESDVRDKKN FAVLKKIYLN ENVNSEELEV FRNDIKKKLN KINSLKYSFE KNKANYQKIN E NNIEKVEG KSKRNIIYDY YRESAKRDAY VSNVKEAFDK LYKEEDIAKL VLEIENLTKL EKYKIREFYH EIIGRKNDKE NF AKIIYEE IQNVNNMKEL IEKVPDMSEL KKSQVFYKYY LDKEELNDKN IKYAFCHFVE IEMSQLLKNY VYKRLSNISN DKI KRIFEY QNLKKLIENK LLNKLDTYVR NCGKYNYYLQ DGEIATSDFI ARNRQNEAFL RNIIGVSSVA YFSLRNILET ENEN DITGR MRGKTVKNNK GEEKYVSGEV DKIYNENKKN EVKENLKMFY SYDFNMDNKN EIEDFFANID EAISSIRHGI VHFNL ELEG KDIFAFKNIA PSEISKKMFQ NEINEKKLKL KIFRQLNSAN VFRYLEKYKI LNYLKRTRFE FVNKNIPFVP SFTKLY SRI DDLKNSLGIY WKTPKTNDDN KTKEIIDAQI YLLKNIYYGE FLNYFMSNNG NFFEISKEII ELNKNDKRNL KTGFYKL QK FEDIQEKIPK EYLANIQSLY MINAGNQDEE EKDTYIDFIQ KIFLKGFMTY LANNGRLSLI YIGSDEETNT SLAEKKQE F DKFLKKYEQN NNIKIPYEIN EFLREIKLGN ILKYTERLNM FYLILKLLNH KELTNLKGSL EKYQSANKEE AFSDQLELI NLLNLDNNRV TEDFELEADE IGKFLDFNGN KVKDNKELKK FDTNKIYFDG ENIIKHRAFY NIKKYGMLNL LEKIADKAGY KISIEELKK YSNKKNEIEK NHKMQENLHR KYARPRKDEK FTDEDYESYK QAIENIEEYT HLKNKVEFNE LNLLQGLLLR I LHRLVGYT SIWERDLRFR LKGEFPENQY IEEIFNFENK KNVKYKGGQI VEKYIKFYKE LHQNDEVKIN KYSSANIKVL KQ EKKDLYI ANYIAAFNYI PHAEISLLEV LENLRKLLSY DRKLKNAVMK SVVDILKEYG FVATFKIGAD KKIGIQTLES EKI VHLKNL KKKKLMTDRN SEELCKLVKI MFEYKMEEKK SEN

UniProtKB: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a

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分子 #2: RNA (59-MER)

分子名称: RNA (59-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 18.869348 KDa
配列文字列:
GGACCACCCC AAAAAUGAAG GGGACUAAAA CACAAAUCUA UCUGAAUAAA CUCUUCUUC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 238758
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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