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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6706 | |||||||||
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タイトル | Prefusion structure of MERS-CoV spike glycoprotein, conformation 1 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
![]() | Yuan Y / Cao D / Zhang Y / Ma J / Qi J / Wang Q / Lu G / Wu Y / Yan J / Shi Y ...Yuan Y / Cao D / Zhang Y / Ma J / Qi J / Wang Q / Lu G / Wu Y / Yan J / Shi Y / Zhang X / Gao GF | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of MERS-CoV and SARS-CoV spike glycoproteins reveal the dynamic receptor binding domains. 著者: Yuan Yuan / Duanfang Cao / Yanfang Zhang / Jun Ma / Jianxun Qi / Qihui Wang / Guangwen Lu / Ying Wu / Jinghua Yan / Yi Shi / Xinzheng Zhang / George F Gao / ![]() 要旨: The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and ...The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and therapeutics. Here, we present high-resolution structures of the trimeric MERS-CoV and SARS-CoV S proteins in its pre-fusion conformation by single particle cryo-electron microscopy. The overall structures resemble that from other coronaviruses including HKU1, MHV and NL63 reported recently, with the exception of the receptor binding domain (RBD). We captured two states of the RBD with receptor binding region either buried (lying state) or exposed (standing state), demonstrating an inherently flexible RBD readily recognized by the receptor. Further sequence conservation analysis of six human-infecting coronaviruses revealed that the fusion peptide, HR1 region and the central helix are potential targets for eliciting broadly neutralizing antibodies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 521.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 521.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5x5cMC ![]() 6703C ![]() 6704C ![]() 6705C ![]() 6707C ![]() 5x4rC ![]() 5x4sC ![]() 5x58C ![]() 5x59C ![]() 5x5bC ![]() 5x5fC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : MERS-CoV spike trimer
全体 | 名称: MERS-CoV spike trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: MERS-CoV spike trimer
超分子 | 名称: MERS-CoV spike trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: S protein
分子 | 名称: S protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 145.856203 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ...文字列: YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ILEPRSGNHC PAGNSYTSFA TYHTPATDCS DGNYNRNASL NSFKEYFNLR NCTFMYTYNI TEDEILEWFG IT QTAQGVH LFSSRYVDLY GGNMFQFATL PVYDTIKYYS IIPHSIRSIQ SDRKAWAAFY VYKLQPLTFL LDFSVDGYIR RAI DCGFND LSQLHCSYES FDVESGVYSV SSFEAKPSGS VVEQAEGVEC DFSPLLSGTP PQVYNFKRLV FTNCNYNLTK LLSL FSVND FTCSQISPAA IASNCYSSLI LDYFSYPLSM KSDLSVSSAG PISQFNYKQS FSNPTCLILA TVPHNLTTIT KPLKY SYIN KCSRLLSDDR TEVPQLVNAN QYSPCVSIVP STVWEDGDYY RKQLSPLEGG GWLVASGSTV AMTEQLQMGF GITVQY GTD TNSVCPKLEF ANDTKIASQL GNCVEYSLYG VSGRGVFQNC TAVGVRQQRF VYDAYQNLVG YYSDDGNYYC LRACVSV PV SVIYDKETKT HATLFGSVAC EHISSTMSQY SRSTRSMLKR RDSTYGPLQT PVGCVLGLVN SSLFVEDCKL PLGQSLCA L PDTPSTLTPR SVSSVPGEMR LASIAFNHPI QVDQLNSSYF KLSIPTNFSF GVTQEYIQTT IQKVTVDCKQ YVCNGFQKC EQLLREYGQF CSKINQALHG ANLRQDDSVR NLFASVKSSQ SSPIIPGFGG DFNLTLLEPV SISTGSRSAR SAIEDLLFDK VTIADPGYM QGYDDCMQQG PASARDLICA QYVAGYKVLP PLMDVNMEAA YTSSLLGSIA GVGWTAGLSS FAAIPFAQSI F YRLNGVGI TQQVLSENQK LIANKFNQAL GAMQTGFTTT NEAFQKVQDA VNNNAQALSK LASELSNTFG AISASIGDII QR LDVLEQD AQIDRLINGR LTTLNAFVAQ QLVRSESAAL SAQLAKDKVN ECVKAQSKRS GFCGQGTHIV SFVVNAPNGL YFM HVGYYP SNHIEVVSAY GLCDAANPTN CIAPVNGYFI KTNNTRIVDE WSYTGSSFYA PEPITSLNTK YVAPQVTYQN ISTN LPPPL LGNSTGIDFQ DELDEFFKNV STSIPNFGSL TQINTTLLDL TYEMLSLQQV VKALNESYID LKELGNYTYY NKEFR LVPR GSPGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60000 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |